أثار قرار المجلس الأعلى للقوات المسلحة، بتشكيل مجلس الدفاع الوطنى، الجدل حول صلاحيات الرئيس القادم، خصوصاً بعد الأنباء شبه النهائية التى تشير لتقدم الدكتور محمد مرسى مرشح الإخوان المسلمين، واعتبره عدد من الخبراء رغبة من «العسكرى» فى الحفاظ على دور واسع خلال المرحلة المقبلة، بينما أشاد به آخرون، معتبرين أنه فى مصلحة الدولة ويساعد الرئيس القادم فيما يخص الأمن القومى. وقال الدكتور جمال عبدالجواد، الخبير فى مركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، إن إعلان تشكيل مجلس الدفاع الوطنى، جزء من حرص «العسكرى» على التمسك ب«الكلمة العليا» فى جميع القرارات المهمة بالأمن والسياسة الداخلية والخارجية، وإنه يداعبه الاحتفاظ بالهيمنة على السلطات، بعد استعادته لسلطة التشريع، واعتبر الأمر جزءاً من صراع «العسكرى» و«الإخوان»، على السلطة، ومستقبل نظام الحكم، مشيراً إلى أن العسكرى أراد تحصين نفسه وسلطاته مسبقاً، قبل إعلان فوز «مرسى»، ورأى أن التشكيل غير متوازن، لأنه يضم أغلبية عسكرية، الأمر الذى يفتح صراعاً على مستقبل القرار السياسى فى الفترة المقبلة، حال إعلان فوز «المرشح الإخوانى». وأكد الدكتور عاطف البنا، أستاذ القانون الدستورى، أن قرارات مجلس الدفاع الوطنى ستكون ملزمة للرئيس القادم وليست استشارية، وقال: «التوقيت غريب ومتعجل وغير مفهوم، ومن الواضح أن العسكرى يلاحق الزمن بإصدار قوانين وقرارات قبل مجىء الرئيس، خصوصاً بعد عودة سلطة التشريع له بعد حل مجلس الشعب». وقال جمال حشمت، عضو الهيئة العليا بحزب «الحرية والعدالة»، إن غياب التوازن فى التشكيل يفقد المجلس المصداقية ويثير حالة من القلق، لا سيما بالنظر إلى توقيت صدور القرار الذى يأتى قبل ساعات من إعلان فوز رئيس الجمهورية، والتى تؤكد النتائج على أنه «مرسى». فى المقابل، رفض اللواء سامح سيف اليزل، الخبير الاستراتيجى، وصف تشكيل المجلس بأنه اختصام من صلاحيات رئيس الجمهورية، قائلاً: «هذه دعوات تخوينية ومرفوضة»، معتبراً أن وجود «الدفاع الوطنى» لمصلحة الرئيس، وسيعاونه فى النظر فى جميع الأمور القومية والأمنية بما يساعده فى مهامه الرئاسية فى ظل المخاطر الأمنية التى تحيط بالبلاد.