أثارت المدارس الخاصة أزمة بين الحكومة والنواب بالجلسة العامة، وذلك أثناء مناقشة مشروع قانون الحكومة فى شأن تعديل بعض أحكام القوانين أرقام 79 لسنة 1975 بإصدار قانون التأمين الاجتماعى، و99 لسنة 1992 فى شأن نظام التأمين الصحى على الطلاب والمرسوم بقانون رقم 86 لسنة 2012 بشأن نظام التأمين الصحى على الأطفال دون السن المدرسى وتخصيص مبلغ من حصيلة ضريبة القيمة المضافة لصالح نظام التأمين الصحى على الطلاب. وبدأت الأزمة عندما طالب المستشار مجدي العجاتي، وزير الشئون القانونية ومجلس النواب، بالإبقاء علي النص الأصلي للقانون المحال من الحكومة، والذي استثني المدارس الخاصة من منظومة التأمين الصحي، وهو ما رفضه عدد من الأعضاء؛ حيث قال النائب مجدي مرشد، في كلمة له بالجلسة: "إن العلاج حق لكل المواطنين ولا يجوز استثناء أحد طبقا للمستوي الاجتماعي للطلاب". وقال الدكتور علي عبدالعال، رئيس مجلس النواب، إن لا شبه عوار دستوري في استثناء المدارس الخاصة من التأمين الصحي، فمعني ذلك أن الدعم الذي تقدمه وزارة التعليم ل"المدارس الحكومية" يجب أن يقدم أيضا للمدارس الخاصة. وأبقى البرلمان علي النص الذي أقرته اللجنة وشمل المدارس الخاصة ضمن منظومة التأمين الصحي. وكانت مشروع القانون المحال من الحكومة ينص علي: "الاشتراكات السنوية التى يتحملها الطالب فى كل مرحلة والتى تسدد عن كل عام دراسى وفقا للتنظيم وفى المواعيد التى يصدر بتحديدها قرار من وزير الصحة بالاتفاق مع الوزير المختص وذلك بواقع إثنى عشر جنيها عن كل طفل من رياض الأطفال وكل طالب من طلاب التعليم الأساسى والثانوى العام والخاص بأنواعة والمدارس الفنية نظام الخمس سنوات والمدارس الثانوية التجريبية للمعلمين والمدارس الخاصة المعانه والمعاهد الأزهرية، فيما رفضت لجنة الصحة استثناء المدارس الخاصة من "التأميين الصحي" قررت اللجنة حذف كلمة "المعانة" ليصبح النص" والمدارس الخاصة والمعاهد الأزهرية".
