استنكرت مؤسسة الكرامة لحقوق الإنسان، إصرار الحكومة المصرية ومجلس الشورى على إقرار قانون الجمعيات الأهلية الجديد والمعروف ب"مشروع قانون تنظيم العمل الأهلي"، والذي ينتهك بشكل واضح حرية التنظيم والحق في تكوين الجمعيات التي هي حق أصيل في القانون الدولي. كانت 56 مؤسسة من مؤسسات المجتمع المدني، تقدمت بمشروع قانون لتنظيم المؤسسات الأهلية يراعي المعايير الدولية، إلا أنه أهمل لصالح المشروع الذي تقدم به حزب الحرية والعدالة الحاكم والذي تمت مناقشته وإقراره من حيث المبدأ من قبل مجلس الشورى. واكدت المنظمة، في بيان لها، أن مشروع القانون يستهدف توجيه ضربة قاصمة لمؤسسات المجتمع المدني المصرية والدولية، وأن المشرع تجاهل تمامًا ما قدمته المنظمات من اقتراحات على القانون الجديد خلال جلسات الاستماع التي عقدها مجلس الشورى، دون أن يتجاوز حد السماع لإقرار أي تعديل جوهري على المشروع. وأشارت الكرامة إلى أن المشروع الجديد، ذهب إلى تقنين وزيادة مساحة تدخل الأجهزة الأمنية في عمل مؤسسات المجتمع المدني بشكل غير مسبوق ويزيد في سوئه عن الوضع في القانون الحالي، بحيث يضع أنشطة وعمل المؤسسات تحت رقابة السلطات التنفيذية، وهو ما يعني ممارسات أوسع للانتهاكات لحقوق المواطنين دون قلق من مراقبة ونقد المؤسسات. ويحظر مشروع القانون الجديد، كل أشكال تنظيم المجتمع المدني باستثناء الجمعيات والمؤسسات الأهلية، الأمر الذي سيؤدي في حالة إقرار القانون بشكل نهائي إلى تجريم عدد من منظمات حقوق الإنسان والجماعات الشبابية والفنية والأدبية، وكل أشكال التنظيم المدني المستقلة. ويقصر القانون، نشاط الجمعيات على التنمية والرعاية الاجتماعية، بينما يتعامل مع منظمات حقوق الإنسان وكل مؤسسات التوعية بالقانون والدستور كأحزاب سياسية، ويحظر عليها التمويل الخارجي لأنشطتها، كما يحظر القانون على كل الجمعيات الأهلية القيام ببحوث ميدانية أو استطلاعات رأي أو عمل أهلي بدون تصريح من الجهات الأمنية. ويمنع مشروع القانون الجديد، المنظمات من تلقي أموال، دون موافقة السلطات، من أجانب أو جماعات أجنبية أو مصريين يقيمون بالخارج، فيما أخطر رئيس مجلس الوزراء في وقت سابق المنظمات المحلية بألا تشارك الكيانات الدولية في مشروعات بحثية أو دراسات أو استطلاعات رأي أو جمع معلومات إلا بعد إذن الجهات الأمنية. من جانبه، قال رشيد مصلي، المدير القانوني للكرامة: "حضر ممثلو المؤسسة في مصر العديد من جلسات العمل في مجلس الشورى، إلا انهم فوجئوا بأن لجنة مناقشة القانون بالمجلس عملت منذ البداية على توجيه أسهم النقد والتجريح للمنظمات الأجنبية العاملة في مصر باعتبارها منظمات متهمة بالمساس أمن الدولة. وأضاف مصلي "كان يجب على اللجنة التي صاغت القانون أن تراعى وضع مصر بعد الثورة وتتجه نحو تحرير مؤسسات المجتمع المدني وعدم إعاقة عملها باعتبارها شريكًا فى مراقبة الوضع الديمقراطي والحقوقي وتقويمه، بدل قانون أكثر سوءا يعيدنا إلى عصر سيطرة الأجهزة الأمنية على أنشطة منظمات المجتمع المدني". وطالبت الكرامة، الرئيس المصري محمد مرسي وحكومته وحزبه بسحب مشروع القانون الذي يؤمم المجتمع المدني ويضعه تحت وصاية السلطات التشريعية والتنفيذية، ومراعاة المعايير الدولية التي تضمن الحق في إنشاء الجمعيات التي توفر رقابة على أداء مؤسسات الدولة وتدافع على حقوق وحريات المواطنين.