بعد أن وعد الرئيس محمد مرسي بالإفراج عن معتقلين الثورة والقصاص للشهداء تساءل البعض هل يملك الرئيس مرسي صلاحيات تكفيه لإصدار مثل هذا العفو، حيث اختلفت آراء الخبراء الدستوريين في هذا الأمر خاصة أن المجلس العسكري حتى الآن هو من يملك السلطات والصلاحيات التشريعية في البلاد وذلك وفقاً للإعلان الدستوري المكمل. وفي هذا الشأن يقول الدكتور عاطف البنا الفقية الدستوري، أن الرئيس محمد مرسي لا يملك أن يصدر قرار بالعفو الشامل، فالعفو عن العقوبة هو حق له بقرار جمهوري أما العفو الشامل فيحتاج الى سن قوانين جديدة وهذا الشئ الذي لا يندرج تحت صلاحياته بينما يمتلك تلك الصلاحية المجلس العسكري لامتلاكه صلاحيات التشريع. وأضاف البنا أن القانون أعطى الحق لرئيس الجمهورية أن يعفو عن جريمة أو شخص بدون قانون أما العفو الشامل عن عدد كبير من المتهمين في قضايا مختلفة ومتعددة شئ لم يحدث من قبل. وأشار البنا، الى أنه لا يفضل العفو عن أحد بدون أن يأخذ القانون مجراه الطبيعي لأن العفو يعد تدخلاً في شأن قضائي، ويكون العفو قانونياً في حالة واحده هي صدور قانون جديد لا يجرم الأفعال التي ارتكبت في ظروف محددة، وليس عفو لمجرد العفو. وفي سياق مخالف يقول المستشار أحمد مكي، نائب رئيس محكمة النقض السابق أن الرئيس محمد مرسي يمتلك إصدار العفو الشامل الذي وعد به قانونياً. وشدد على أن العفو هنا سيكون عن الجرائم نفسها وليس على العقوبات الموضوعة، وأشار مكي الى أن العفو يشبه الى حد كبير العفو الذي حصل عليه أيمن نور رئيس حزب الغد فهو عفو عن العقوبة وعن آثارها عموماً في الحياة العامة. أما محمد الميرغني أستاذ القانون الدستوري بجامعة عين شمس، فيقول إن الرئيس محمد مرسي من الناحية القانونية ووفقاً لنصوص قانون القضاء العسكري يملك أن يصدر عفواً عن المدانين في القضايا العسكرية. وأشار الميرغني أن الصعوبات في تلك المسألة هي أن العفو العام عن المعتقلين في السجون العسكرية سوف يمثل صدام مبكر ضد العسكري وسوف يعطي الانطباع أن الرئيس مرسي يريد انتزاع صلاحياته مما قد يتسبب في توتر العلاقات بينه وبين المجلس العسكري في هذا الوقت العصيب من تاريخ مصر.