أقام الممثل القانوني لشبكة الجزيرة دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة طالب فيها بإصدار حكم قضائي بإلغاء القرار الصادر من الهيئة العامة للاستثمار بإلغاء الترخيص الصادر لعمل شبكة الجزيرة في مصر. وقالت الدعوى التي حملت رقم 33539 لسنة 68 قضائية والتي أقيمت ضد كل من الهيئة العامة للاستثمار ومكتب السجل التجاري بالقاهرة بأن سبق وأصدرت دائرة الاستثمار بمحكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة في 3 نوفمبر عام 2012 حكما قضائيا بأحقية شبكة الجزيرة في الحصول على ترخيص بالعمل في مصر وبالفعل تم إصدار الترخيص بعمل الجزيرة إلا أن الشبكة فوجئت بإصدار القرار 66-15 من الهيئة العامة للاستثمار بإلغاء الترخيص. وأكدت الدعوى أن إلغاء الترخيص مخالف لقانون الاستثمار المصري وحرية العمل الإعلامي المصري والدولي.