يشهد حزب الحرية والعدالة حالة من التوتر الداخلي بسبب عدد من التحالفات التي أبرمتها القوي الإ سلامية مع بعضها مثل حزب الأمة والوطن بما يؤثر سلبا علي أصوات الإخوان في الانتخابات القادمة ،خاصة بعد انتهاء شهلر العسل بين الاخوان والسلفين بعد أن ظهرت بوادر الازمة بينهم قبيل الانتخابات البرلمانية بسبب قانون المرأة في الانتخابات والذي يترط وضع المراة في النصف الاول من القوائم الانتخابية وهو ما وافق عله حزب الحرية والعدالة بينما رفضه السلفيين بشدة وكانت بداية الخلاف بين الجانبين الذيين كانا في شهر عسل طويل وخاضا معا معركة الاعلان الدستوري وحشد المواطنيين للتصويت بنعم علي الدستور الجديد مما دفع البعض الي الاعتقاد أن الاخولان والسلفين لن خوضوا الانتخابات البرلمانية الا بقوائم مشتركة ولكن لعدد من الاسباب انفصل الطرفين وانقضي شهر العسل بينهم ليعلنوا انهم طرفان متنافسان ينتميان لتيار واحد وسيخوض كل منهم الانتخابات في وجه الآخر . مصادر إخوانية أكدت أنه بالفعل كان هناك مقترحات للتحالف مع السلفيين في الانتخابات البرلمانية القادمة ولكن بعد انشقاق عماد عبد الغفور شعر الاخوان بتفتت داخلي في الحزب وقررت الجماعة في اجتماع لها برئاسة نائب المرشد خيرت الشاطر الا تبرم اي تحالفات انتخابية مع النور خوفا من تدهور شعبيته بعد انسحاب عبد الغفور وإعلانه عن تشكيل حزب جديد قد يأخذ جزءا كبيرا من الكتلة الانتخابية للحزب ،موضحا أن الجماعة قد تعرض التنسيق مع حزب النور خلال الفترة المقبلة للاستفادة منه في الدوائر الحزبية التي بها كتلة للسلفين ، موضحا أن تحالف حزب الوطن مع حزب الامه الذي يقوده حازم صلاح ابو اسماعيل سيضجعل المنافسة قوية جدا بين الاسلامين موضحا ان الحرية والعدالة لابد ان ينسق مع كافة الاحزاب حتي ولو بطريقة غير مباشرة حتي لا تقل نسبته في البرلمان عن الانتخابات الماضية . وقال الدكتور سيد هيكل عضو الهيئة البرلمانية للحرية والعدالة أن الحزب سيجري تنسيقا مع كافة الاحزاب التي لها مرجعية إسلامية ولا يمكن أن تخوض الانتخابات بدون تحالفات مع القوي الاسلامية لأن ذلك سيؤدي الي تفتت الاصوات وانخفاض نسبة الحرية والعدالة في البرلمان المقبل ، مشيرا الي أن التحالف قد يكون بصفه غير مباشرة بين الاحزاب الاسلامية بمعني ان يتم التنسيق في المحافظات وفقا للتوزيع الجغرافي والكتلة الحزبية لكل تيار ورجح أن يترشح عدد من قيادات جماعة الاخوان المسلمين علي المقاعد الفردية علي أن يتم التنسيق مع الحرية والعدالة في ذلك . من جانبه أوضح المهندس أسامة سليمان عضو الهيئة العليا لحزب الحرية والعدالة أن القواعد الحزبية للحرية والعدالة وضعت ترشيحات للاحزاب التي يمكن التحالف معها في الانتخابات القادمة وسيتم عرضها علي المكتب التنفيذي للحزب لحسم امرها بما يتفق عليه اعضاء المكتب وأعضاء الهيئة العليا، ورجح ان يخوض الحزب الانتخابات القادمة منفرا دون تحالفات انتخابية ولكن قد يحدث تنسيق بينه وبين بعض الاحزاب في عدد من الدوائر، وأضاف سليمان ان الحزب انتهي من وضع كافة القوائم الحزية للمرشحيين في المحافظات بنسبة 65% من مرشحي البرلمان السابق ، ويتنظر عرضها علي المكتب التنفيذي للحزب للتصديق عليها موضحا أن الدعايا الانتخابية والمؤتمرات الجماهيرية وغيرها ستبدا بعد وافقة المحكمة الدستورية علي قانون الانتخابات.