كما كان متوقعًا، شهدت المرحلة الثانية من الاستفتاء على الدستور فى 17 محافظة، العديد من الانتهاكات والتجاوزات التى من شأنها بطلان عملية التصويت قضائيًا. ففى الإسماعيلية، رصدت غرف المراقبة عودة الأموات لصناديق الاقتراع فى «استفتاء الإخوان»، وفى المنوفية رصد المراقبون قضاة يوجهون الناخبين للتصويت ب«نعم»، بالإضافة إلى تأخر عملية التصويت فى 57 لجنة، وسيطرة الإسلاميين على لجان بركة السبع. وفى فرشوط بقنا، توقفت عملية التصويت، بعد تجدد خصومة ثأرية بين عائلتى السحالوة والمخاليف بقرية رفاعة، مما أسفر عن مقتل شخص نتيجة تبادل إطلاق النار. وفى كفر الشيخ تحول أمين خزينة بمحكمة الحامول إلى قاضى ليترأس إحدة لجان المحافظة، أما فى السويس، لاحقت جبهة الإنقاذ الوطني، تجاوزات الإخوات بالبلاغات، بعد أن حشدوا لتوجيه الناخبين للتصويت ب"نعم". وفى المنيا والبحيرة، تم منع الأقباط من التصويت بوسائل مختلفة، منها إغلاق اللجان بحجة إعادة التنظيم، أو من خلال التهديد المباشر، فيما ظهرت أيضًا إحدى علامات إحياء الحزب الوطنى «المنحل» عبر ظهور البطاقة الدوارة. وفى القليوبية، تأخر التصويت فى 11 لجنة بسبب كشوف الناخبين وعدم حضور القضاة، الذين قام عدد منهم بتوجيه المواطنين للتصويت ب«نعم». أما فى الفيوم، تم الاعتداء على «ناشطة» رصدت تجاوزات «الإخوان» أمام اللجان، وقام أنصار الحرية والعدالة بتوزيع 100 جنيه للناخبين مقابل التصويت ب«نعم»، بالإضافة إلى عمليات النقل للسيدات فى القرى. من ناحية أخرى، أدلى اللواء احمد جمال وزير الداخلية بصوته فى الجيزة، وتفقد لجان الاستفتاء بشارع السودان، وقال إن جهاز الشرطة لا يعمل لصالح مجموعة او فئة معينة، مشددًا على دوره الأساسى فى حماية وتأمين المقرات، وأن الداخلية تقف على مسافة واحدة بين كل القوى فى المجتمع.