أقام الدكتور طارق محمد خليل رئيس جامعة النيل دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى طالب فيها المحكمة باصدار أمر على عريضة بتمكين طلاب الجامعة وأساتذتها من مبانيها وعودة الطلاب اليها لمتابعة دراستهم ومحاضراتهم وامتحاناتهم داخل الجامعة وذلك لحين إصدار حكم فى الدعوى التى اقامتها الجامعة ، والتى طالبت فيها باصدار حكم قضائى بتمكين الجامعة من استعادة الاراضى والمبانى الخاصة بها ورد كافة اموال الجامعة المستولى عليها. وقال رئيس الجامعة فى دعواه بأن "النيل" فوجئت بصدور قرار رئيس مجلس الوزراء بنقل الاشراف على الجامعة الى صندوق تطوير التعليم، والموافقة على استخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا المبانى والمنشات المقامة على الأراضى المخصصة لجامعة النيل، وهى القرارات المخالفة لجميع القوانين الخاصة بالتعليم والجمعيات الاهلية وتتسم بالعدوان على جامعة النيل التى تعد منشأة علمية يجب ان تحترم، ويجب الحفاظ عليها حرصا على مستقبل الطلاب المنتسبين اليها.