اعترض ممثلو الأزهر والكنيسة بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور بشدة على وضع مادة خاصة بالزكاة ضمن مواد الدستور الجديد، وساندهم عدد غير قليل من الأعضاء الليبراليين، منهم الشاعر فاروق جويدة مستشار الرئيس مرسي . من جانبهم وصف الأعضاء المسيحيون المادة بأنها تمييزية وتخص المسلم دون المسيحي، وتتعارض مع مبدأ المواطنة، وقالوا أنها فريضة إسلامية من بين 5 فرائض هي الشهادة والصلاة والصوم والحج ، متسائلين: لماذا النص على هذه الفريضة وحدها في الدستور وما هي الأهداف الخفية من وراء هذا النص؟. وأعربوا عن مخاوف الأقباط من فتح باب الحديث عن فرض الجزية على الأقباط إذا تم إقرار هذه المادة في الدستور، وتساءلوا هل معنى ذلك أن تتدخل الدولة في العشور التي تمثل الجانب الأكبر من أموال الكنائس، كما تساءلوا هل وضع هذه المادة سيكون بداية لإلغاء الضرائب أم أن الأمر سيكون مزدوجًا بفرض الزكاة والضرائب معًا. ورفض ممثلو الأزهر أيضا وضع مادة خاصة بالزكاة في الدستور وقالوا إن فرائض الإسلام ليس مكانها الدستور الذي هو لكل المصريين دون تمييز، وتضامن عدد من النواب الليبراليين لرفض إصرار السلفيين على وضع هذه المادة. وقال الشاعر فاروق جويدة كيف نسمح بوضع مادة تمييزية في الدستور، ثم ما هو موقف الضرائب، ولماذا تتدخل الدولة في فريضة من الفرائض هي بين العبد وربه يريد أن ينفقها سرًا أو يخرجها إلى أقاربه. إزاء اصرار كل فريق التمسك بموقفه تقرر أن يرفع الأمر إلى لجنة الصياغة لتقدم الى الاجتماع العام للجمعية وجهتى النظر ليتم حسم الأمر بالتصويت، ويسعي السلفيون الى استقطاب اعضاء الجمعية من الإخوان للتصويت إلى جانبهم. كما أثارت مادة السيادة لله وحده والتى تقدم بها السلفيون ايضا لتكون بديلة عن مادة السيادة للشعب جدلاً كبيراً جداً، وأصر السلفيون عليه بشدة لتكون المادة الثالثة من الدستور نصها كما يلى السيادة لله وحده ويمنحها للشعب، وهو مصدر السلطات حيث رفضها الازهر والكنيسة وعدد من الاعضاء وأكدوا ان السيادة لله لا تحتاج الى نص في الدستور. ومن المواد التى يتمسك بها السلفيون أيضا وتثير الجدل مادة تنص على أن الذات الإلهية مصونة ويحظر المساس بها او التعريض بها أو التعرض لذوات أنبياء الله ورسله جميعا، وكذلك أمهات المؤمنين والخلفاء الراشدين ومازال الخلاف مستمراً ولن يحسم إلا بالتصويت.
