قدم كل من الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر و الدكتور محمد عبد الفضيل القوصى وزير الأوقاف والدكتور حمدى زقزوق وزير الأوقاف السابق العزاء فى رحيل البابا حيث صافح الوفد الاسلامى الأنبا باخوميوس قائم مقام البابا وعددا كبيرا من أعضاء المجمع المقدس وأبلغهم خالص عزاء الأزهر الشريف . قال الامام الاكبر عقب تقديم واجب العزاء إن مصر فقدت رمزا من رموزها الذين كانوا طوال حياتهم للسلام معبرا عن حزنه وحزن كل المصريين لرحيل البابا . و كان شيخ الأزهر قد أناب وفدا من كبار مساعديه لحضور مراسم توديع البابا بمقر الكاتدرائية المرقسية بالعباسية وضم الوفد الدكتور محمود حمدي زقزوق وزير الأوقاف الأسبق وعضو مجمع البحوث الإسلامية والدكتور محمود عزب مستشار شيخ الأزهر للحوار والشيخ علي عبد الباقي، الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية والشيخ محمد جميعة الأمين العام للمكتب الفني وعدد من علماء الأزهر الشريف وبيت العائلة .