اعرب ائتلاف أقباط مصر عن بالغ صدمته ورفضه للقرار الصادر عن وزير العدل رقم 4991 لسنة 2012، والمنشور في الجريدة الرسمية بتاريخ 13 يونيو 2012، والذي يعطي ضباط وضباط صف المخابرات الحربية والشرطة العسكرية سلطة الضبطية القضائية في الجرائم التي تقع من المدنيين غير العسكريين. اكد بيان الائتلاف أن خلاصة هذا القانون تعني أنه من حق الضباط المذكورين القبض على المواطنين المدنيين وتفتيشهم وسؤالهم في أي مكان وإحالتهم إلى النيابات المختصة، وهذا القرار يعود بمصر لعصر قد يكون أسوأ من عصر مبارك . أضاف البيان أن السياسة المتبعة من المجلس العسكري فى إدارة الملف الأمني، سياسة بها القمع والاذلال للشعب المصري بدل من مواكبة نتاج الثورة المصرية التى كان أهم أسبابها تلك الانظمة والاساليب التي تعاملت بها وزارة الداخلية مع الشعب المصرى . قال أن صدور مثل هذا القرار وفي هذا التوقيت وقبيل أسبوعين فقط من تنفيذ المجلس الأعلى للقوات المسلحة تعهداته بتسليم السلطة إلى رئيس منتخب يضاعف من الشكوك المثارة حول مصداقية هذا التعهد، ويرجح الاستنتاجات التي تذهب إلى أن التسليم الصوري للسلطة لن يمنع المؤسسة العسكرية من أن تظل لاعبًا رئيسيًا في إدارة الحياة السياسية بمصر . اكد هذا القرار بما ينطوي عليه من صلاحيات استثنائية لا سند لها في القانون يشكل التفافًا صارخًا على الإنهاء الرسمي لحالة الطوارئ، وهذا القرار هو أسوأ بمراحل من القيود والانتهاكات التي كانت حالة الطوارئ توفر غطاءً قانونيًا لها، وإذا كان عشرات الآلاف اعتقلوا وعذبوا وبعضهم قتل باسم قانون الطوارئ، فإن هذا القرار الجديد سيوفر الغطاء القانوني لتدخل الجيش في الحياة اليومية للمصريين . أوضح البيان أن وزير العدل خالف القانون بهذا القرار القانون خاصة المادة 23 من قانون الإجراءات الجنائية، حيث إن سلطة الضبط القضائي يجوز منحها بشرط أن تكون الجرائم داخلة في دائرة اختصاصه ومتعلقة بأعمال وظيفته، ولا ينص القانون على منح العسكريين سلطة ضبط قضائي ضد المدنيين، وستتخذ المنظمات كل السبل القانونية والقضائية وخطوات تصعيدية أخرى في حالة عدم إلغاء القرار . طالب أئتلاف أقباط مصر مطالبة حقوقية بوقف تنفيذ هذا القرار الجائر على الشعب المصري وإصدار حكم محكمة عاجل ببطلانه كما اعلن إئتلاف أقباط مصر كامل تضامنه مع باقى المنظمات والجمعيات الحقوقية من أجل وقف هذا القرار .
