قرر مجلس أمناء الثورة مساندة الدكتور محمد مرسي في المرحلة الثانية من الانتخابات الرئاسية، في مواجهة شفيق مؤكداً أن نتيجة الانتخابات الرئاسية المصرية - شبه النهائية وغير الرسمية والتي انتهت إلى التأكد من الإعادة بين الدكتور محمد مرسي مرشح حزب الحرية والعدالة وأحمد شفيق مرشح النظام السابق مثل مفاجأة من العيار الثقيل للقوى الثورية فالثورة ومصير الدولة المصرية باتت في خطر في حال وصول شفيق إلى سدة الحكم . قال مجلس أمناء الثورة فى بيانه أنه لا سبيل للخلافات الأيدلوجية في مثل هذه اللحظات التاريخية الفارقة في مستقبل الوطن، وان نجاح الثورة وأهدافها بات هو الهدف الأول والوحيد في هذه المعركة للعبور بالبلاد إلى بر الأمان داعين القوي الثورية وجماعة الإخوان المسلمين إلي تحمل مسؤولياتهم المصيرية في هذه اللحظة الفارقة. دعا مجلس أمناء الثورة القوى الثورية والوطنية إلى الوقوف صفا واحدا خلف المرشح الرئاسي محمد مرسي وتجاوز الخلافات الفكرية والسياسية مع جماعة الإخوان المسلمين فإن كان هناك خلافا من أي نوع مع المرشح الإسلامي إلا أنه لا يرقى بأي حال من الاحوال إلي تعرض مكاسب الثورة المصرية للخطر أما بالنسبة للمرشح أحمد شفيق فلا توجد أرضية من أي نوع يمكن الوصول إليها معه، كما أنه يمثل بشكل قاطع النظام السابق بكل جرائمه. كما دعا المجلس جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة إلى تقدير الموقف السياسي بدقة وطمأنة القوى الثورية والسياسية بشكل عملي وبعدم الانفراد بالسلطة وتقديم مشروعا أو خريطة للحياة السياسية في المرحلة القادمة وتطمين الأقباط على حقوقهم الدستورية، مع تقديم تنازلات بشأن الخلافات السياسية الرئيسية المطروحة علي الساحة ومنها تشكيل وعمل الجمعية التأسيسة لصياغة الدستور.
