يعاني الجهاز المركزي للمحاسبات من تضييق مالي شديد يمنع اعضائه من القيام بمهام العمل الرقابية علي الهيئات الحكومية و ذلك يؤدي الي التقصير في كشف الفساد و مراقبته. هذا التضييق هو نتاج سنوات عديدة من الفساد في عهد الرئيس المخلوع فانه يرجع إلي الاقتراح الذي قدمه النائب توفيق عبده عضو الحزب الوطني بتعديل قانون الجهاز و الذي كان من شأنه تحويل الجهاز لهيئة مكتوفة اليدين و قد تم الموافقة علي الاقتراح و اصبح قانون مصدق عليه في عام 1997 برقم 157. و من الجدير بالذكر انه قبل تفعيل هذا القانون كان هناك 12 الف عضو رقابي بالجهاز اما الان فتقلص العدد حتي وصل الي 6 الالاف عضو رقابي فقط بالجهاز, و ذلك لاستقالة العديد من الاعضاء للعمل في هيئات اخري او ربما خارج البلاد لعدم استطاعتهم للقيام بتغطية تكاليف العمل لقله ميزانية الجهاز و ايضا بسبب قلة المرتبات. ويضيف ابراهيم ابو جبل رئيس حركة رقابيون ضد الفساد " للأسف أن بيئة العمل بالجهاز أصبحت تدفع العديد من الكفاءات لترك العمل إما بالهجرة للعمل بأجهزة الرقابة بالدول العربية أو بشركات القطاع الخاص أو مكاتب المحاسبة الخاصة. وذلك بسبب عدم تمتعهم بصلاحيات ولا حصانات كافية ولا حتي دخل يكفل لهم ولأسرهم العيش الكريم. ويؤكد ذلك الاستقالات المتتابعة لأعضاء الجهاز وحصول بعضهم علي اجازات بدون مرتب" . هذا وقد كشفت مصادر خاصة للجمعة عن وجود ادارة مركزية داخل الجهاز تقوم بالتفتيش عن مصروفات 24 وزارة في مختلف المحافظات, لاتزيد ميزانية بدل السفر فيها عن 5 الالاف جنيها في السنة فبذلك بدلا من المراقبة الكاملة تستطيع فقط مراقبة خمسة بالمائة من نشاط هذه الوزارات. وتساءل محمد نصر عضو الجهاز " لماذا مازال هذا التضييق المالي بعد الثورة؟!، فقد كان التضييق سابقا منطقي لانهم يخشون كشف الفساد و لكن من غير المنطقي ان يستمر هذا بعد الثورة التي كان مطلبها الاساسي هو محاربة الفساد".
