هناك العديد من المدارس السلفية الموجودة فى مصر مثل مدرسة الدعوة السلفية بالاسكندرية التى أسسها عدد من علماء السلفيين على رأسهم محمد إسماعيل المقدم وياسر برهامى وأبوعمر محمد عبدالفتاح الذين خرجوا من عباءة الإخوان فى السبعينيات وأسسوا المدرسة الخاصة بهم وبأفكارهم الخاصة ، والمدرسة فى القاموس السلفى تعنى ان هناك مجموعة من الأفكار العقائدية والفكرية والمرجعية الإسلامية والدينية يتبناها عدد كبير من العلماء والشيوخ والأتباع ولا يخرجون عنها نهائيا، والفرق بين المدارس السلفية المختلفة فى تفاصيل الفروع وفى نقاط بعينها، ويوجد فى مصر ما يقرب من 5 مدارس سلفية مثل المدرسة «المدخلية» التى تكفر الخروج على الحاكم ويرأسها الشيخ محمود رسلان، ومدرسة «أنصار السنة المحمدية» التى تؤمن بالعمل تحت مظلة الحكومة وهى مشهرة وتتبع وزارة التضامن الاجتماعى وتعتبر المدرسة الوسطية بين مدرسة الإسكندرية ومشايخ المدخلية، وهناك أيضا مدرسة «الجمعية الشرعية لتعاون العاملين بالكتاب والسنة» التى تؤمن بالعمل الميدانى والوطنى بعيداً عن الاشتغال بالسياسة. يجسدها حاليا الهيئة الشريعة للحقوق والإصلاح التى تأسست عقب الثورة مباشرة وشكل مجلس إداراتها مجموعة كبيرة من علماء السلفيين من مختلف التيارات السلفية والإسلامية فى مصر على رأسهم على السالوس ومحمد عبدالمقصود وطارق الزمر. وهى بمثابة المرجعية والملاذ الأخير والحكم فى الخلافات الفكرية والعقائدية بين المدارس السلفية المختلفة، ويكون لها القول الفصل، لكن مع مرور الوقت تحولت الهيئة من مرجعية تجمع كل المدراس السلفية تحت رايتها الى مدرسة سلفية أشبه بمدرسة الدعوة السلفية بالإسكندرية. العالم فى مصطلح السلفيين هو الرجل الذى وصل الى درجة عالية من الكفاءة والعلم وله العديد من الابحاث والأطروحات فى مجال الدعوة ويكون حصل على العديد من الدرجات العلمية فى مجال الدعوة السلفية وله مدرسة وأتباع وتلاميذ ويعتبر مرجعية لهم فى جميع التفاصيل ويتم الاستعانة به فى مجال الدراسات السلفية ويحصل على درجة الإجازة من علماء التيار أو الدعوة. لا يختلف تكوين مجلس شورى العلماء فى أى من التيارات السلفية سواء فى التيار السلفى أو تيار جماعة الجهاد أو الإخوان المسلمين وغالبا ما يصل عدد مجلس شورى العلماء الى 200 شخص موزعين على جميع المحافظات المختلفة فى مصر، ويتم اختيارهم بعناية فائقة وتختلف طرق اختيارهم ما بين الانتخاب والتعيين حسب التيار المنتمى اليها ويعتبر هذا المجلس بمثابة خلاصة علماء وابناء هذا التيار ويتطلب توافر شروط بعينها منها أن يكون عضو مجلس الشورى مضى على خدمته فى الدعوة ما يقرب من 10 سنوات وله باع طويل من العلم والخبرة والكفاءة والسمعة الحسنة والقدوة وله اتباع وتلاميذ وله أطروحاته فى مجال الدعوة والفكر، ومجلس الشورى يعتبر هو الحكم الفصل فى منهج المدرسة أو التيار ويضع الخطط والتصورات التلاميذ فى المدرسة السلفية هم الأشبال الصاعدون من الباحثين والدارسين والخطباء فى المساجد والوعاظ وغالبا ما يديرهم ويتابعهم عالم سلفى ويطلق على التلاميذ لقب الشيخ أو المدرس. أما «التابع» فيمثل الغالبية العظمى من التيار السلفى ويلتزمون بفكر وأسلوب الشيوخ والمدارس.
