انتقد اتحاد شباب الثورة الأحد 1 أبريل قيام جماعة الاخوان المسلمين وذراعها السياسي (حزب الحرية والعدالة) بترشيح النائب الأول للمرشد العام المهندس خيرت الشاطر فى إنتخابات رئاسة الجمهورية. وقال أحد المتحدثين الرسميين بإسم الإتحاد د. هيثم الخطيب "إن ترشيح جماعة الإخوان لخيرت الشاطر جاء ضمن ما وصفه ب "سلسلة الكذب المتتالي في مواقف الجماعة والتلاعب الدائم بالشعب المصري حيث أعلنت الجماعة مسبقاً أنها لا ترغب أن تكون أغلبية في مجلس الشعب وأنها ستدخل علي 30% من المقاعد ومع ذلك إستحوذت علي الأغلبية وبنسبة 45% من مقاعد المجلس الشعب"، وذلك على حد تعبيره. وأضاف أن "الجماعة أعلنت عدم وجود مرشح رئاسي لها, ومع ذلك أعلنت عن وجود مرشح هو المهندس خيرت الشاطر, مما يفقد المصداقية في جماعة الإخوان المسلمين, ويعتبر إخلالاً بالعقد الإجتماعي بينهم وبين الشعب حيث تعهد حزب الحرية والعدالة للشعب المصري قبل الإنتخابات التشريعية بعدم خوض الإنتخابات الرئاسية". وفي ذات السياق، قال أحد المتحدثين الرسميين بإسم اتحاد شباب الثورة حمادة الكاشف أن "ما تفعله الجماعة الآن ليس سوى محاولة للهيمنة علي جميع السلطات داخل الدولة وتكرار لسيناريو "الحزب الوطني المنحل". من جهة أخرى، نفى الكاشف قيام اتحاد شباب الثورة بالدعوة الى أية مليونيات الجمعة 30 مارس, موضحاً أن تامر القاضي ومحمد السعيد الذين قادوا هذه الدعوة تم فصلهم منذ فترة وأن الاتحاد و شباب الأحزاب والحركات السياسية المكونة للإتحاد ليس لهم أدني علاقة بتصريحات أو مواقف هؤلاء.