تحول المسجد الذي كان و لايزال رمزا لثورة 25 يناير وقبله لثوار الإسكندرية إلي بؤرة ملتهبة من الصراع بين جماعة الاخوان الذين يساندون امامه "الشيخ أحمد المحلاوي" وبين مجموعة من شباب الحركات السياسية التي ترى ان المسجد اصبح يستخدم الان لخدمة افكار الإسلاميين والأحزاب التابعة لهم ، وتوجيه الرأي العام لصالحهم. حيث عاد الصراع على المسجد مرة أخرى الي الاضواء بعد احداث أمس وأحداث الجمعة الماضية والذي حدث بهما العديد من المشاجرات بين العديد من شباب القوى السياسية وجماعة الاخوان المسلمين ، بالاضافة الي حادث الاسبوع ما قبل الماضي حين تدخل مجموعة من الشباب لبعض الحركات السياسية في الخطبة بسبب هجوم الشيخ المحلاوي على حركة الاشتراكيين الثوريين خلال خطبة الجمعة ، على الرغم من ان موضوع الخطبة كان بعيدا تماما عن السياسة وكان يدور حول " التعاون والاتحاد بين جميع طوائف الشعب ودياناته " الامر الذي جعل بعض المصليين يقاطعون الخطبة ،ويقومون بشن حمله لمنع الشيخ المحلاوي من الخطابة وتمكين خطيب الاوقاف الدكتور عبد الرحمن نصار من العوده الي الخطابة مرة أخرى . وكان عدد من شباب الحركات السياسية قد ارسلوا بشكوى الي وزير الاوقاف ضد الشيخ "المحلاوي" بعد هذا الهجوم وطالبوه بابعاده عن منبر الخطابة يوم الجمعة لاستغلاله لاغراض سياسية ، بعد ان حاولوا منعه من الخطابة . وعلى جانب أخر نفى الشيخ محمد عبد الرازق وكيل وزارة الاوقاف بالاسكندرية ل "الفجر" وجود صراع على مسجد القائد إبراهيم بين الوزارة والشيخ المحلاوي ، مشيرا الي ان الشيخ المحلاوي امام وخطيب بالاوقاف سابقا ، وامن الدولة هي من قامت بستبعاده سابقا دون وجه حق ، موضحا انه بغض النظر عن الاتفاق مع في اراءه او الاختلاف لكن الشيخ المحلاوي من القامات الكبيرة ورجال العلم الذين يفيدون مجتمعهم . وأكد عبد الرازق على وجود الشيخ عبد الرحمن نصار امام المسجد طيلة ايام الاسبوع وايضا اكد على وجوده خلال خطبة الجمعة مع الشيخ المحلاوي ليقوموا بالقاء الخطبة بالإنابة مشيرا الي ان لا يوجد اي نوع من انواع الخلفات بينهم بل على العكس الدكتور عبد الرحمن نصار هو من يقوم بالطلب من الشيخ المحلاوي بالقاء خطبة الجمعة والاستمرار على القاءها . وأشار عبد الرازق الي انه يجب علينا تقبل جميع الاراء مهما كنا نختلف او نتفق معها لكن علينا ان نقتنع بها او لا نقتنع لانها مجرد نصيحة او رأي شخصي يقبل الرفض او الاتفاق حوله .