أكد الدكتور محمد حبيب، النائب الأول السابق للمرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، وجود تدخل حقيقي من الجماعة في عمل مؤسسة الرئاسة وقرارات الرئيس، واصفاً هذا التدخل ب"القوي والحاسم". واعتبر في حديثه إلى برنامج "الحدث المصري" مع الإعلامي محمود الورواري على قناة "العربية الحدث" أن هذا التدخل "يمثل أحد الأسباب الرئيسية في الارتباك الحاصل في مواقف الدكتور محمد مرسي".
وطالب حبيب الرئيس مرسي بالتحرر بموقعه ومنصبه من هيمنة الجماعة، كما طالب القيادات في الجماعة بعدم التدخل في شؤون الرئاسة، معرباً عن اعتقاده بأن تحرر الرئيس في عمله سيدفعه إلى العمل بصورة أفضل وتحقيق نتائج إيجابية.
وشرح أن وصول شخص من الإخوان المسلمين إلى الرئاسة شكل نوعاً من حلم تحقق بالنسبة للجماعة، مما أحدث حالة من الصدمة لأعضائها وقيادتها، إلا أنه شدد على أن "مصر أكبر من الرئيس ومن جماعة الإخوان وأكبر من أي جهة أو شخص أو منصب ما".
وفي سياق متصل، أكد أن للمرشد العام للجماعة مكانة خاصة في قلب المنتمين إلى جماعته سواء في مصر أو في التنظيم العالمي للجماعة، وشرح أنه لا يمكن للمرشد أو لمكتب الإرشاد التدخل في شؤون الإخوان خارج مصر، كما أن التنظيم الدولي لا يتدخل في عمل الجماعة في مصر.
كما أوضح حبيب أنه لم يكشف تفاصيل خلافه مع جماعة الإخوان المسلمين بعد لأنه لا يرغب بنشر "مساوئ الجماعة" إلى العموم مما سيتيح للبعض الهجوم عليها، وأضاف أن حرصه على وحدة الجماعة يدفعه لعدم تناول التاريخ بالصورة العلنية.
وفي سياق آخر اعتبر أن على الرئيس اتباع نصائح وتعليمات الأمن القومي في تعامله مع حركة حماس، كاشفاً أن حماس تستشير كافة الرموز من الإخوان ومن غير الإخوان، ومن أهل الخبرة في أغلب قراراتها.
