كشف مصدر كنسي أن الكنيسة المصرية طالبت المجلس العسكري الحاكم باحتكار الأقباط للتعيين في البرلمان القادم بعد الفوز الكبير للاسلاميين. وقال مصدر بالمقر البابوى، أن الكنيسة القبطية أجرت اتصالات بقيادات المجلس العسكرى، لإقناعهم بضرورة قصر الأعضاء المعينين بمجلس الشعب، سواء كان عددهم (10أو30) على الأقباط فقط، نظراً لأن الذين نجحوا فى الوصول لمجلس الشعب من المسيحيين هم ستة فقط، عبر "القوائم". واضاف المصدر بحسب صحيفة المصريون إن شنودة، كلف الأنبا موسى أسقف الشباب بمتابعة هذا الأمر، قبيل سفره للولايات المتحدة للعلاج، بعد أن هاجمته آلام القلب والكلى .
وكانت الكنيسة المصرية من أكبر الداعمين لنظام الرئيس المخلوع حسني مبارك ومن أشد المؤيدين للتوريث الذي كان يخطط له وكان من أهم الاسباب التي دعت للثورة .
وكانت تقارير صحافية قد افادت بأن شنودة أصدر تعليمات للأقباط بأن يصوتوا لصالح المرشحين الأقباط في الانتخابات البرلمانية وفي حال لم يكن هناك مرشحون أقباط، طلب بابا من الأقباط التصويت ل "الكتلة المصرية" التي تضم أحزاب "المصريين الأحرار" و"التجمع" و"المصري الديمقراطي"، التي يترأسها رجل الأعمال نجيب ساويرس ورفعت السعيد رئيس حزب التجمع والدكتور محمد أبوالغار، وكتلة رامي لكح ومحمد أنور عصمت السادات التي تحمل اسم كتلة "الإصلاح والتنمية".
في المقابل، حذر شنودة من التصويت ل "الإخوان المسلمين" والتيارات الإسلامية وحزب "الوفد"، لأنه تحالف في البداية مع "الإخوان"، وحث الأقباط على أن يكونوا كتلة تصويتية مؤثرة في الانتخابات.
يأتي ذلك في إطار عملية التوظيف السياسي لأصوات الأقباط - كما دأبت الكنيسة إبان النظام السابق - من خلال الحشد والتعبئة للناخبين، وذلك عبر لقاءات يعقدها الكهنة ورجال الدين "المسيحي" معهم، يتم خلالها توجيههم للتصويت لمرشحين بعينهم، وفقًا لتعليمات الأنبا شنودة.