قال تعالى ( مِنْ أَجْلِ ذَلِكَ كَتَبْنَا عَلَى بَنِي إِسْرائيلَ أَنَّهُ مَنْ قَتَلَ نَفْساً بِغَيْرِ نَفْسٍ أَوْ فَسَادٍ فِي الْأَرْضِ فَكَأَنَّمَا قَتَلَ النَّاسَ جَمِيعاً وَمَنْ أَحْيَاهَا فَكَأَنَّمَا أَحْيَا النَّاسَ جَمِيعاً وَلَقَدْ جَاءَتْهُمْ رُسُلُنَا بِالْبَيِّنَاتِ ثُمَّ إِنَّ كَثِيراً مِنْهُمْ بَعْدَ ذَلِكَ فِي الْأَرْضِ لَمُسْرِفُونَ) (المائدة:32). في 6 أكتوبر 1981 وهو يوم وطني في مصر، اغتالت الجماعة الرئيس المصري أنور السادات حيث قام الجناح العسكري للجماعة بقيادة الملازم أول خالد الإسلامبولي وبصحبة زملائه عبد الحميد عبد السلام الضابط السابق بالجيش المصري والرقيب متطوع القناص حسين عباس محمد والذي أطلق الرصاصة الأولى القاتلة والملازم أول احتياط عطا طايل حميده رحيل بقتل الرئيس أنور السادات أثناء احتفالات مصر بانتصارات أكتوبر في مدينة نصر بالقاهرة، وقد نسب للجماعة الإعداد لخطة تستهدف إثارة القلاقل والاضطرابات وللاستيلاء على مبنى الإذاعة والتليفزيون في ماسبيرو بالقاهرة والمنشآت الحيوية بمناطق مصرية مختلفة. وفي تلك الأثناء، وخلال هذه الأحداث قبض عليهم جميعاً، وقدموا للمحاكمة التي حكمت عليهم بالإعدام رمياً بالرصاص كما تم تنفيذ الحكم في زميلهم محمد عبد السلام فرج صاحب كتاب الفريضة الغائبة بالإعدام شنقاً. في 8 أكتوبر 1981م قام بعض أفراد الجناح العسكري للجماعة الإسلامية بمهاجمة مديرية أمن أسيوط ومراكز الشرطة واحتلال المدينة ودارت بينهم وبين قوات الأمن المصرية معركة حامية قتل فيها العديد من كبار رجال الشرطة والقوات الخاصة وانتهت بالقبض عليهم وعلى رأسهم ناجح إبراهيم وكرم زهدي وعصام دربالة، والحكم عليهم فيما عرف في وقتها بقضية تنظيم الجهاد بالأشغال الشاقة المؤبدة لمدة 25 عاماً. كان للجماعة دورها في حرب أفغانستان حيث قتل عدد من أعضائها، من أبرزهم علي عبد الفتاح أمير الجماعة بالمنيا سابقاً، ومن هناك أصدرت الجماعة مجلة المرابطون، وأقامت قواعد عسكرية لها. ينسب إلى الجماعة محاولات إرهابية لاغتيال بعض الوزراء ومسؤولي الحكومة والشرطة ومن أبرزهم رفعت المحجوب رئيس مجلس الشعب المصري وهناك أقوال أن قتلة تصفية حسابات كما ورد بمرافعة دمندور المحامي بمرافعته والكاتب فرج فودة . قامت في 17 نوفمبر 1997 بقتل 58 في خلال 45 دقيقة شخصا معظمهم سياح سويسريون بالدير البحري بالأقصر بمصر فيما عرفت لاحقا باسم مذبحة الأقصر أو مذبحة الدير البحري. و فيها هاجم ستة رجال مسلحين بأسلحة نارية وسكاكين حيث كانو متنكرين في زي رجال أمن مجموعة من السياح كانوا في معبد حتشبسوت بالدير البحري قامت بمحاولة لاغتيال الرئيس المصري السابق حسني مبارك في أديس أبابا عام 1995 وقتل جميع أفرادها آنذاك من قبل الحرس الرئاسي المرافق. في عام 1997 أعلن قادة الجماعة من داخل محبسهم "مبادرة لوقف العنف" وقد حظيت هذه المبادرة برفض من جانب بعض رموز الجماعة في الخارج الجماعة ومن أشهر من أنتقد ذلك من القيادات محمد الحكايمة. في أغسطس 2006 أعلن أيمن الظواهري انضمام عدد من قيادات الجماعة لتنظيم القاعدة. في 24 أبريل نيسان 2006 وقعت سلسلة انفجارات بمنتجع دهب على ساحل البحر الأحمر وقد أسفر ذلك عن مقتل 23 شخصا وإصابة عشرات آخرين. ووقعت الانفجارت في وسط المدية في مطعمي "نيلسون" و"علاء الدين" وفي متجر غزالة. في 23 يوليو تموز 2005، قتل 60 شخصا على الاقل في سلسلة انفجارات استهدفت منتجع شرم الشيخ على ساحل البحر الأحمر. وبدأت الانفجارات في منطقة خليج نعمة، ونجمت عن ثلاث سيارات مفخخة على الأقل، حيث استهدف الأول فندق غزالة جاردنز مما أدى لتدمير الفندق بالكامل، واستهدف الثاني منطقة السوق القديم. وفي 30 أبريل نيسان 2005، قتل شخص واحد وجرح ثمانية آخرين في انفجار قرب المتحف المصري بالقاهرة. وكانت الشرطة قد أطلقت النار وقتلت امرأة وجرحت أخرى بعدما أطلقتا النار على حافلة للسياح. أما في 7 أبريل نيسان 2005 فقد وقع انفجار في قلب المدينة القديمة بالقاهرة ما أودى بحياة فرنسيين وأمريكي بالإضافة إلى منفذ الهجوم. وفي 7 أكتوبر تشرين الأول 2004، لقي 34 شخصا من بينهم سياح إسرائيليون حتفهم وجرح 10 آخرون في ثلاثة انفجارات استهدفت فندق هيلتون طابا ومنتجعين سياحيين آخرين في سيناء. في 17 نوفمبر تشرين الثاني 1997، قتل 62 شخصا بما فيهم 58 سائحا في الأقصر، وتبنت الهجوم "الجماعة الإسلامية". وفي 18 سبتمبر أيلول 1997، قتل تسعة مصطافين ألمان وسائقهم المصري بعد أن تم تفجير حافلتهم خارج المتحف المصري وسط القاهرة. أما في 18 أبريل 1996 فقد قتل 18 سائحا يونانيا وأصيب 14 بجروح في هجوم على واجهة فندق أوروبا قرب أهرام الجيزة. وتبنت الهجوم "الجماعة الإسلامية" قائلة إنها استهدفت سياحا إسرائيليين. وفي 23 أكتوبر 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجومين في جنوب مصر، ما أسفر عن مقتل بريطاني وجرح خمسة أشخاص آخرين. في 27 سبتمبر 1994 قتل ألمانيان ومصريان في منتجع بالبحر الأحمر. وقد اعدم عضوان من الجماعة الإسلامية بتهمة تنفيذ الجريمة في 1995. أما في 26 أغسطس آب 1994 قام متطرفون إسلاميون بإطلاق النار على حافلة سياحية في بين الأقصر وسوهاج ما أسفر عن مقتل شاب أسباني. وفي 4 مارس آذار 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجوما على عبارة سياحية على النيل في جنوب مصر. وقد أسفر الهجوم عن جرح سائح ألماني لفظ أنفاسه الأخيرة فيما بعد. وفي 26 أكتوبر 1993 قتل أمريكيان وفرنسي وإيطالي، وجرح سائحان آخران في هجوم شنه رجل على فندق سميراميس بالقاهرة. وقالت الشرطة إن المنفذ مختل عقليا. وقد تم اعتقال المهاجم وإيداعه مستشفى للأمراض العقلية، لكنه هرب لاحقا وفجر حافلة قرب المتحف المصري بالقاهرة. في 8 يونيو حزيران 1993 تم إلقاء قنبلة على حافلة سياحية قرب الأهرام ما أسفر عن مقتل مصريين وجرح 15 سائحا، من بينهم سائحان بريطانيان. وفي 26 فبراير شباط 1993 قتل سائح تركي وآخر سويدي، وشخص ثالث مصري في انفجار قنبلة بمقهى في قلب القاهرة. وقد جرح 19 شخصا آخرين بما في ذلك 6 سياح. أما في 21 أكتوبر 1992 فقد قتل سائح بريطاني قرب ديروط الجنوبية. وأعلنت الجماعة الإسلامية مسؤوليتها.