أحال المستشار هشام رؤوف، قاضي التحقيق المنتدب من وزارة العدل، الفريق أحمد شفيق، رئيس الوزراء الأسبق، وتوفيق عاصي، رئيس شركة مصر للطيران الحالي، و9 متهمين آخرين إلى محكمة الجنايات، لارتكابهم العديد من جرائم الفساد المالى والإدارى بشركة مصر للطيران. كان رجل الأعمال عبد الحميد عامر تقدم بعدة بلاغات ضد شفيق يتهمه فيها بالفساد وإهدار المال، بالإضافة إلى بلاغات أخرى من العاملين بوزارة الطيران المدنى تحمل جميعها اتهامات لشفيق بإهدار المال العام، وأنه أرسى العديد من الأعمال الإنشائية بالمطار رقم 3 ورقم 2 بالأمر المباشر على أصدقائه، خاصة مجدى راسخ، صهر علاء مبارك، ومحمود الجمال، صهر جمال مبارك، وأهدر ملايين الجنيهات. وقالت البلاغات إن شفيق باع 300000 متر من الأراضى الكائنة بزمام وزارة الطيران المدنى لرجل الأعمال فهد الشبكشى بسعر جنيه واحد للمتر، و300000 متر لرجل الأعمال وجدى كرارة بسعر واحد جنيه للمتر، و4000 متر لشركة مورتيل العالمية، وذلك لبناء فندق بمطار 3 بالأمر المباشر وبدون مناقصة، وإنه باع الطائرات المملوكة لمصر للطيران واستبدلها بطائرات جديدة غير مملوكة لمصر للطيران بل مؤجرة بنظام الشراء التأجيرى وبأقساط دائنة لأصول مصر للطيران بنظام الرهن، وأدرج الطائرات المباعة بميزانية مصر للطيران على أنها إيرادات بدلا من أصول ثابتة للتغطية على الخسائر والأموال المنهوبة من الشركة، حيث بلغت خسائر شركة الخطوط الجوية بمصر للطيران بمفردها 500 مليون جنيه مصرى فى ميزانية العام السابق تحت علم الجهاز المركزى. وأضافت أن الوزير السابق بنى ممرا رابعا بمطار القاهرة وكذلك برج مراقبة جديدا تكلفته مليار ومائتان وخمسون مليون جنيه على الرغم من وجود 3 ممرات وبرج، مع أن كثافة حركة الطيران بمطار القاهرة لا تستدعى هذا الإنفاق، كما أن مطار فرانكفورت بألمانيا به 3 ممرات فقط. ونسبت البلاغات لشفيق بناء مول تجارى أمام صالة 2 بتكلفة قدرها مائة مليون جنيه ولم يتم استغلاله تجاريا، حيث فشل المشروع لعدم تحقيق أى عائد مجز، فتم تحويل المول إلى كافتيريات ومحال مغلقة لا تدر أى إيراد وجاء هذا الفشل نتيجة لدراسة الجدوى الخاطئة والمجاملة فى إرساء عقود هذه المشاريع على بعض المعرفة والمقربين. وأسند المشكو فى حقه 124 عملية من وزارة الطيران المدنى خلال الفترة من 2003 وحتى 2004 لمجموعة من الشركات، بالأمر المباشر، بالمخالفة للقانون. وتضمنت الاتهامات شراء أثاث لاستراحة كبار الزوار بمبنى الركاب رقم 2 بتاريخ 22-9 -2003 لصالح شركة جاليرى منصور، إحدى شركات عائلة وزير النقل السابق محمد منصور، بقيمة 22 مليوناً و628 ألف جنيه.
