اعترض عدد من الأحزاب السياسية على النظام الانتخابي الذي ينص على ثلثين للفردي وثلث للقائمة، والذي أقرته لجنه الخمسين بشكل نهائي. حيث قال الدكتور مجدي مرشد، نائب رئيس حزب المؤتمر، إن لجنة الخمسين تجاهلت مطالب القوى السياسية وأقرت أسوأ نظام انتخابي من الممكن أن تضعه أي دولة. وأضاف مرشد، ل"البديل" أن الحزب سوف يخوض الانتخابات بأي نظام انتخابي يتم إقراره من جانب لجنة الخمسين، مشيرا إلى أن هذا النظام سوف يواجهه مشاكل كثيرة لأن من المفترض أن يكون للنائب البرلماني ممثل عن حوالي 130 ألف ناخب في معظم دول العالم، ولكن بنظام ثلثين للفردي وثلث للقائمة، سيؤدي إلي توسعة الدوائر الانتخابية وسوف يصل النائب البرلمان أن يكون ممثل عن 200 ألف ناخب، وهذا من أهم الأسباب التي تجعلنا نعترض علي هذا النظام. من جهة أخرى قال شهاب وجيه، المتحدث الرسمي لحزب المصريين الأحرار، إن الحزب كان يتمنى أن يكون هناك نظام مختلط بين القوائم والفردي بالتساوي، وسعى الحزب لذلك عن طريق الدكتور نجيب ادابير، ممثل الحزب في لجنة الخمسين، ولكن تم إقرار نظام نرى أنه غير مناسب لهذه الفترة. وأوضح وجيه أن الحزب سوف يشكل لجنة استعداد لوضع خطة لخوض الانتخابات بهذا النظام، مشيرا إلى أن الحزب مستعد لخوض الانتخابات بأي نظام قد تم الموافقة عليه .