أدان حزب المصريين الأحرار ما وصفه بتجاهل الرئيس محمد مرسي للاعتداء على كنيسة مارمرقس المصرية في ليبيا، وتعذيب عدد من المصريين المسيحيين هناك، واصفا موقفه بالمزدوج والذي يكيل بمكيالين تجاه المصريين بالخارج، لافتا إلى أن تحركه السريع والجاد تجاه أعضاء جماعة الإخوان المسلمين في الإمارات في الوقت الذي غابت فيه مؤسسة الرئاسة عن استغاثات المصريين المسيحيين في ليبيا. وطالب الحزب في بيان له وزارة الخارجية بتكثيف جهودها لضمان حماية المصريين الموجودين في ليبيا ، مشددا على ضرورة تحرك المجتمع الدولي ومنظمات حقوق الانسان ومنظمة العفو الدولية بشكل عاجل لتجريم الاعتداء المتكرر على دور العبادة هناك.