قام العاملون بمسجد السيد البدوي بطنطا بإجراء عملية تعقيم دورية للمسجد والأضرحة يومياً تنفيذاً لتعليمات وزير الأوقاف الدكتور محمد مختار جمعة في إطار مواجهة فيروس كورونا المنتشر في بعض بلدان العالم خشية انتقال العدوي خلال تجمع المصلين لأداء الصلاة كإجراء وقائي . وتتم عملية تعقيم المسجد والأضرحة بشكل دورى يوميا صباحاً ومساءً تحت متابعة وإشراف الشيخ محمد عبدالموجود خليفة وأئمة المسجد كما تم إغلاق الأضرحة وعدم السماح للمريدين بالتجمع حولها لحين انتهاء أزمة فيروس كورونا .