نأت جماعة الاخوان المسلمين بنفسها عن أي تمثيل في لجان أو ائتلافات شباب ثورة 25 يناير وذلك عقب ما حدث في " جمعة الغضب الثانية". وقال الدكتور محمود حسين الأمين العام لجماعة الإخوان المسلمين - في بيان صحفي مقتضب السبت - إن من يمثل الجماعة في اللجنة التنسيقية ل"حماية" الثورة, هما عادل عفيفي والدكتور أسامة ياسين, وأنه لا يمثلها الآن أحد في ائتلاف شباب الثورة. وفي محاولة لتفسير البيان أوضح الدكتور محمود حسين, لوكالة أنباء الشرق الأوسط مساء السبت, إن المقصود هو: اللجنة التنسيقية لجماهير الثورة, وأكد صحة معلوماتنا بأنه لايوجد كيان سياسي باسم "اللجنة التنسيقية لحماية الثورة". وأحجم حسين عن ذكر الشخص أو الأشخاص الذين يقولون أنهم يمثلون جماعة الاخوان المسلمين في ائتلاف شباب الثورة, وقال "اننا قصدنا بهذا التصريح القول إن جماعة الاخوان المسلمين لها مؤسساتها وأشخاصها الذين يعبرون عنها ويلتزمون بقراراتها". تجدر الاشارة الي ان ائتلاف شباب الثورة يضم عددا من الحركات السياسية والأحزاب الشبابية ومن بينها مجموعة باسم "شباب الاخوان المسلمين", وقد أثار شباب الاخوان بعض الانتقادات ضد شيوخ الجماعة وهيكلها التنظيمي وطالبوا في مؤتمر غاب عنه المرشد العام وقيادات الجماعة بدخول الشباب ضمن مؤسسات الجماعة مثل مكتب الارشاد ومجلس شوري الجماعة. وكانت اللجنة التنسيقية لجماهير الثورة المصرية قررت الخميس الماضي منح الحرية لأعضائها من الحركات والائتلافات للمشاركة في جمعة الغضب الثانية من عدمه, إثر احتدام الخلاف بين ممثلي جماعة الاخوان المسلمين وممثلي بقية الحركات المشاركة في اللجنة لاستصدار قرار باسم اللجنة ككل, وهو ما تم رفضه ومنح الحرية لكل حركة في اتخاذ موقف منفرد باسمها.
