رفضت دكتورة آمنة نصير أستاذ الفلسفة الإسلامية التصريحات التي فرق خلالها البابا شنودة بين التظاهرات الإسلامية والمسيحية، وقوله في برنامج وجهة نظر إن الأخيرة تعد وقفات احتجاجية بينما تشهد المظاهرات الإسلامية 'اللعن والسباب والمنشورات' ضد المسيحيين، وتساءلت نصير: وما رأي البابا في التظاهرات التي شهدها المقر البابوي بعد حكم 'الزواج الثاني للأقباط' والتي شهدت توجيه أقذع الألفاظ لدستور مصر وسلطاتها وقضائها ولم يعترض البابا ؟ بينما قال الدكتور محمد عبدالمنعم البري رئيس جبهة علماء الأزهر إن حظر التظاهر في دور العبادة لا يطبق سوي علي مظاهرات المساجد فقط 'لأن الأقباط يستشعرون أن أسوار الكنائس تحميهم من أي سوء فلا سلطان للدولة علي الكنائس'. من ناحية أخري، رفض الدكتور محمود خليل أستاذ الصحافة بإعلام القاهرة تحميل البابا شنودة للإعلام مسئولية الأزمة، معتبراً أن سبب الأزمة تصريحات الأنبا بيشوي وليس غيره. وفجر المفكر الإسلامي الدكتور محمد عمارة عضو مجمع البحوث الإسلامية عدة مفاجآت في قضية إساءة الأنبا بيشوي للمسلمين والطعن في بعض آيات القرآن الكريم، حيث أشار إلي أن هذه التصريحات لا تعبر عن موقف ورأي شخصي لبيشوي وإنما هي رأي المؤسسة الكنسية والبابا شنودة نفسه. مؤكدا أن محاولة "لي عنق آيات القرآن"، علي حد تعبيره، وتفسيرها لتشهد للمسيحية جاءت علي لسان البابا شنودة وفي كتاباته أكثر من مرة ومنها ما ورد في كتابه "المسيحية والقرآن" المطبوع في مطبعة المجد بمحرم بك بالإسكندرية والذي أعاد ما جاء فيه في مجلة الهلال بعد توليه البابوية وهو أيضا ما فعله مرقص عزيز في كتابه "استحالة تحريف الكتاب المقدس". وأكد د عمارة، في تصريحات صحفية للزميلة زينب عبد الله نشرتها جريدة الأسبوع المصرية المستقلة، ان البابا شنودة سبق وأن أشار إلي أن المسلمين مجرد وافدين علي مصر جاءوا ليسكنوا معنا "وذلك في العدد الصادر بتاريخ 1 يناير من مجلة مجالس الأحد " عام 1951. وقال د عمارة شنودة كان عضوا في جمعية "الأمة القبطية"عام 1952والتي كان شعارها "مصر كلها وطننا اغتصبها العرب والمسلمون منذ 14 قرن واللغة القبطية لغتنا والإنجيل دستورنا" وأضاف عمارة أن الدكتور نجيب اسكندر وزير الصحة في حكومة النقراشي سأل شنودة عام 1948 قائلا "لحساب من تعملون ؟ إنكم تهددون وحدة العنصرين". وأشار المفكر الإسلامي إلي أن شنودة دافع عن المحاضرة التي ألقاها الأنبا توماس في أمريكا عام 2008 والتي أشار فيها قائلا : أنك عندما تقول للمسيحي أنت عربي فأنت تهينه. وتساءل د عمارة قائلا :"لماذا لم تعاني مصر من الطائفية قبل تولي البابا شنودة كرسي البابوية؟, ولماذا لا توجد أية مشاكل طائفية مع الكنيسة الانجيلية أو الكنيسة الكاثوليكية ؟" وأكد عمارة أن هذه التصريحات التي أدلي بها الأنبا بيشوي انما تعبر عن وجود أزمة وحالة من التوتر داخل الكنيسة.
