أقام عدد من المراكز الحقوقية وهي المبادرة المصرية للحقوق الشخصية ومركز النديم والمركز المصري للحقوق ومؤسسة الهلالي للحريات ، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة وكيلا عن عدد من أهالي جزيرة القرصاية الأربعاء، طالبوا فيها بإصدار حكم قضائي لوقف تنفيذ وإلغاء قرار وزير الدفاع بتحديد أراضي بجزيرة القرصاية كمناطق عسكرية ذات أهمية استراتيجية، على ما يترتب عن ذلك من آثار، أخصها عدم قانونية تواجد أو تدخل وزارة الدفاع فيما يتعلق بكامل أراضي جزيرة القرصاية وطرد القوات المسلحة من الجزيرة . وأكدت الدعوى التي حملت رقم 21604 لسنة 67 قضائية أن المدعون من قاطني جزيرة القرصاية التابعة لمحافظة الجيزة، ويتخذون منها مستقراً لمساكن يقيمون فيها، وتأويهم مع أسرهم، فضلاً عن أن بعضهم يحوز قطع محدودة المساحة من الأراضي الزراعية وذلك بموجب عقود انتفاع وايجار تُجدد بعد وفائهم بالتزاماتهم القانونية وتم إدخال كافة المرافق بتلك الجزيرة، والتي لا يقل عدد سكانها عن ألفي نسمة بنوا معيشتهم على نشاط اقتصادي بسيط قائم في معظمه على الإنتاج الزراعي والحيواني والسمكي من هذه الأرض. وقالت الدعوى التي أعدها أحمد حسام المحامي بالمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، أن اهالي جزيرة القرصاية قد حصلوا على أحكام قضائية لصالحهم من المحكمة الإدارية العليا في 2010 وجاء بحكم المحكمة أن أوراق الدعوى قد أفصحت عن نية الإدارة الاستعانة بالقوات المسلحة لتنفيذ تعليمات رئيس مجلس الوزراء بإخلاء الجزيرة، رغم عدم وجود بدائل من سكن أو مصدر رزق يدفع عن سكان الجزيرة غائلة الجوع وخطر التشرد المحدق، وهي مخاطر تعلو بلا شك وتفوق الأضرار الناجمة عن استرداد الإدارة لأراضي الجزيرة" ،كما ورد بحيثيات حكم الإدارية العليا كما أوضحت بعض الصور الفوتوغرافية المقدمة ضمن حافظة المستندات المقدمة من المطعون ضدهم بجلسة 7 /3 /2007 عن قيام بعض أفراد القوات المسلحة باقتحام الجزيرة". واستندت التى اختصمت 21 مسئولا على رأسهم الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية ورئيس مجلس الوزراء ووزير الدفاع والإنتاج الحربي ورئيس هيئة القضاء العسكري والمدعي العام العسكري وقائد المنطقة المركزية العسكرية ووزراء العدل والزراعة والموارد المائية والري والدولة لشئون البيئة،على أن اعتبار اراضي جزيرة القرصاية ضمن المناطق العسكرية قدر صدر من وزير الدفاع وهو غير مختص بذلك حيث أن القانون رقم 7 لسنة 1991 قد نص على أن تحديد المناطق الاستراتيجية ذات الأهمية العسكرية من الأراضي الصحراوية التي لا يجوز تملكها يصدر بقرار يصدر من رئيس الجمهورية بعد موافقة مجلس الوزراء بناء على عرض وزير الدفاع ، وبالتالي فإن رئيس الجمهورية هو المختص بذلك مما يجعل قرار وزير الدفاع باطلا .
