قالت جماعة الإخوان المسلمين : إن محاكمة الرئيس المخلوع حدث تاريخى، باعتبارها الحالة الأولى فى العالم العربى التى يحاكم شعب رئيسه بعد خلعه على جرائمه البشعة التى ارتكبها فى حق الشعب والوطن. وأكدت الجماعة - فى بيان لها الأربعاء-أن مصر تغيرت تغييرا جوهريا ؛ حيث تدل هذه المحاكمة على سيادة القانون، فلم يعد هناك من هو فوق القانون ومن هو تحته، ومعنى ذلك أن الجميع أصبحوا سواسية أمام القانون وأن مصر أصبحت ترفض الضغوط الخارجية العربية والدولية التى مورست لمنع إتمام هذه المحاكمة، بعدما كانت تأتمر بأمر كثير من الدول فى العهد البائد . وأضافت أن الإرادة الشعبية هى الغالبة، فالسيادة للشعب وهو مصدر السلطات، وهذه الإرادة بإصرارها وصمودها كانت السبب المباشر فى التصدى للضغوط، وتفعيل القانون ، وأن الشعب المصرى أثبت أنه شعب متحضر، فقد كان بمقدوره أن يثأر لنفسه بيده خارج إطار القانون، إلا أنه فوض القضاء فى تحقيق القصاص احتراما لسيادة القانون لإقامة العدل وإحقاق الحق . وأشارت جماعة الإخوان أن الشعب لم يصر على هذه المحاكمة شماتة فى أحد، ولكن من أجل القصاص الذى هو ضمان الحياة (ولَكُمْ فِي القِصَاصِ حَيَاةٌ يَا أُوْلِي الأَلْبَابِ لَعَلَّكُمْ تَتَّقُونَ) إضافة إلى شفاء صدور أهالى الشهداء، وتنفيس الاحتقان المكبوت داخل أفراد الشعب المصرى . ووأضحت أن هذه المحاكمة تثبت أن الله هو الملك وأنه يمهل ولا يهمل ، وأنه إذا أخذ الظالم لم يفلته ، وأنها عبرة لكل المتجبرين الطغاة بأنهم سائرون – بإذن الله – إلى نفس المصير، كما أنها تعتبر رادعا لكل من تحدثه نفسه للسير فى نفس طريق الظالمين المستبدين المفسدين .
