رغم الهدوء النسبي للعاصفة الفكرية بين الأزهر وحزب النور السلفي بشأن المادة الثانية من الدستور، إلا أن الخلاف بينهما عاد وتصاعد من جديد بعد أن اعترض الأزهر الشريف على عبارة «مرجعيته» فى المادة الثانية، وطالب بعدم تعديل المادة وإبقاءها علي ما هي عليه فى دستور 1971. وقال الدكتور محمد عبد السلام، مستشار شيخ الأزهر، وعضو الجمعية التأسيسية للدستور، أن شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب طالب بأن يتم إلغاء الفقرة الخاصة بمرجعية الأزهر فى المادة الثانية، والإبقاء عليها، كما جاءت بدستور 1971، لأن هذا هو موقف الأزهر من قبل مناقشتها فى اللجنة، وهو الإبقاء عليها دون تعديل. وأضاف عبد السلام، أن الهدف من رغبة شيخ الأزهر هو عدم إضفاء وضع خاص للأزهر يتعلق بعدم التعديل، بالإضافة أو الحذف، لأنها من المبادئ الدستورية المستقر عليها، وتواترت عليها الدساتير، وتوافقت عليها جميع القوى الوطنية فى الوثيقة الخاصة بالأزهر.
وعن وضع الأقباط فى المادة كشف عبد السلام أن الأزهر يفضل أن يكون الجزء الخاص بهم فى مادة منفصلة لتظل المادة الثانية كما هى. من جانبه، جدد حزب النور السلفي مطالبه بأن تكون الشريعة مصدر التشريع وحذف كلمة «مبادئ» من المادة الثانية بالدستور. وقال يونس مخيون، القيادى بحزب النور، عضو اللجنة التأسيسية إن المسئول عن عودة النقاش حول المادة الثانية من الدستور بعدما انتهينا منها هو الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر. وأوضح «مخيون» أن اللجنة التأسيسية انتهت من 39 مادة فى الدستور، ولم يحدث أى خلافات داخل اللجنة عليهم، ولكننا فوجئنا أن الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر يطالب بإلغاء النص على أن المرجعية للأزهر من الدستور والإبقاء على المادة الثانية كما هى فى دستور 71 مع إضافة بند «أن يحتكم غير المسلمين إلى شرائعهم» الأمر الذى سيعيد النقاش مجدداً حول المادة الثانية من الدستور
