لاقت تصريحات اللواء حبيب العادلي وزير الداخلية واتهامه لمنظمة جيش الاسلام بالوقوف وراء تفجير الاسكندرية تصديقا من وسائل الإعلام الإسرائيلية التي وصفت المنظمة الفلسطينية ب"الإرهابية" متهمة اياها بالتورط في اختطاف جلعاد شاليط جندي تل ابيب الذي تم أسره بالقطاع منذ سنوات . وكان اللواء حبيب العادلي وزير الداخلية قد أعلن أن مرتكبي حادث انفجار كنيسة القديسين هو تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني وثيق الصلة بتنظيم القاعدة مضيفا خلال كلمته في احتفالات عيد الشرطة : "أنه تأكد بالدليل الدامغ تورط تنظيم جيش الاسلام الفلسطينى المرتبط بتنظيم القاعدة فى تفجير كنيسة القديسين بالاسكندرية ليلة رأس السنة الميلادية ." وقال موقع نيوز وان الأخباري الإسرائيلي أن منظمة "جيش الإسلام " هي منظمة إرهابية فلسطينية تم تأسيسها على يد لجان المقاومة الشعبية الفلسطينية وتعتبر من اكثر المنظمات المتعاطفة والمنحازة لتنظيم القاعدة مضيفا في تقرير له اليوم ان نفس المنظمة تورطت في اختطاف جلعاد شاليط الجندي الإسرائيلي الذي تم أسره بالقطاع منذ سنوات ، مضيفا ان جيش الاسلام شاركت كل من حركة المقاومة الاسلامية الفلسطينية حماس ولجان المقاومة الشعبية في ايقاع شاليط في الأسر في يونيو 2006. وأضاف التقرير الاسرائيلي أن انفجار الإسكندرية الذي وقع في الأول من يناير هذا العام أدئ إلى إصابة ومقتل العديد من المصلين المسيحيين المحتفلين برأس السنة الجديدة والذين كانوا خارجين لتوهم من كنيسة القديسين لافتا الى ان الحادث الإرهابي تسبب في موجة من الغضب انتشرت بين ابناء الاقلية القبطية المصرية والذين احتجوا على عجز النظام المصري الحاكم في الدفاع عنهم واتباع سياسة التمييز ضدهم . بدورها اتهمت القناة العاشرة الإسرائيلية منظمة جيش الإسلام في تعليقها على كلمة العادلي بأنها نفس المنظمة التي قامت باطلاق صواريخ تجاه كل من اسرائيل والأردن مستخدمة الاراضي المصري في سيناء لاطلاق تلك الصواريخ خلال الشهور الماضية ، مضيفة أن عدد كبير من اجهزة الاستخبارات بمنطقة الشرق الأوسط تتهم جيش الاسلام باطلاق هذه الصواريخ وفقا لتقرير القناة الاسرائيلية . في المقابل عبرت حركة المقاومة الإسلامية "حماس" في بيان لها عن "قلقها إزاء تصريحات وزير لداخلية المصري من توجيه الاتهام لعناصر من جيش الإسلام في غزة بالمسئولية عن التفجير المؤسف الذي استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية، مؤكدة أن الأمن القومي العربي والمصري هو على قائمة أولوياتها.
وأكدت الحركة في البيان الذي نشره المركز الفلسطيني للاعلام التابع للحركة أنها تقود "مقاومة ضد الاحتلال الصهيوني داخل فلسطين ولم ولن تسمح بنقل صراعنا مع أي طرف آخر خارج فلسطين" كما شددت على أن الأمن القومي العربي والمصري هو على قائمة أولوياتنا لأننا، معتبرة أن مصر والوطن العربي عمقنا الاستراتيجي الذي لا نقبل المساس به". وأضاف البيان: "إن علاقتنا بالمسيحيين على مر التاريخ علاقة طيبة ولا نقبل أبداً بالمساس بها ولذلك فقد أدنا تفجير الكنيسة من اللحظة الأولى وقدمنا العزاء لمصر ولعوائل الضحايا" مشيرة الى ان الحركة على يقين من وقوف الموساد الصهيوني وراء هذه الجرائم وذلك لخلط الأوراق وهو من ثبت أنه يستهدف مصر وشعبها من خلال شبكة التجسس وغيرها من الجرائم " داعية في ختام بيانها، الحكومة المصرية إلى التعاون مع الحكومة الفلسطينية لفحص هذه المعلومات والتأكد من مدى صحتها.
