أدان الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر التفجيرات الإجرامية التي وقعت عشية ليلة رأس السنة، وأكد في مؤتمر الذي عقد صباح الأحد بمشيخة الأزهر أن ما حدث لا يقره دين ولا عقل، وقال أن علينا كمسلمين التصدي لهذه الأفعال التي تهدد الإسلام، وطالب بالدفاع عن الوحدة الوطنية لأن استقرار الوطن وأمنه أمانة في أعناق المسلمين. كما رفض فضيلة الإمام أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف دعوة بابا الفاتيكان ينديكت السادس عشر التي طالب فيها بحماية الأقباط فى مصر، واصفا هذه الدعوة بأنها تدخل (غير مقبول) فى شئون مصر. كما أعلن شيخ الأزهر عن إقامة مشروع للعمل على دعم الوحدة الوطنية يضم عدد من المثقفين امسلمين والمسيحيين بهدف صد كافة محاولات التفرقة والبدء في عمل تنظيمي يدافع عن طوائف الأمة، على أن يتضمن هذا المشروع دراسات وأبحاث وبرامج للتوعية بخطورة هذه الأفعال، وقال أن هذا المشروع سيقام تحت اسم مشروع بيت العائلة المصري سيجمع كافة العقلاء من المسلمين والمسيحيين ليحقق تعانق الهلال والصليب. وطالب شيخ الأزهر بوضع قانون يؤكد عقوبات محددة على التعدي على دور العبادة.