بعد ساعات من إصدار مجمع البحوث الإسلامية لبيان رفض فيه تعرض أحد كبار رجال الكنيسة لعصمة القرآن الكريم – دون الإفصاح عن إسمه – أصدر الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس بياناً أكد فيه أنه لم يقصد الإساءة للقرآن الكريم ليكون أول رد فعل رسمي من جانبه علي الهجوم الضاري الذي تعرض له بعد محاضرته المثيرة للجدل التي تعرض فيها للقرآن ، وقال بيشوي : أنا اتفق مع بيان المجمع بخصوص مطالبته لعقلاء مصر بمثقفيها ومفكريها أن يعتبروا العقائد الدينية للمصريين خطا أحمر لا يمكن المساس به من قريب أو من بعيد ولم يتطرق من قريب أو بعيد لنص المحاضرة المثيرة للجدل والذي تم توزيعه علي الحضور في المؤتمر ونشرت وسائل الإعلام نصها كاملاً . وأضاف البيان الذي حصلت " الدستور " على نسخة منه " رأيت من واجبي حرصاَ علي سلامة الوطن بمسلميه ومسيحييه وحماية الوحدة الوطنية أن أعلن أنني دائما علي المناداة بمبدأ عدم التجريح في الأديان ورموزها وعدم المساس بالديانة الإسلامية علي وجه الخصوص لأن اخوتنا المسلمين هم شركاء في الوطن ولأن تعاليم السيد المسيح والآباء الرسل تدعونا إلي احترام الآخر وعدم المساس به . وأضاف بيشوي "أكدت علي هذه المبادئ في اللقاء الموسع للعقيدة في الفيوم في محاضرتي في موعدها مساء يوم الأربعاء 22 سبتمبر 2010 ولم يرد ذكر القرآن فيما تكلمت به في هذه المحاضرة سوي أننا قد شجبنا فكرة بعض الغربيين المتطرفين في حرق نسخ منه ، وذلك في اجتماع اللجنة التنفيذية لمجلس الكنائس العالمي في الأسبوع السابق في اسكتلاندا ، كما أنني لم أذكر المسلمين أو الإسلام في نفس هذه المحاضرة إلا تأكيدي علي أهمية حماية المسجد الأقصي والحقوق العربية في القدس ، وهو الأمر الذي شرحته مراراَ في اجتماعات مجلس الكنائس العالمي وأيضاَ في الاجتماع الأخير في استكلندا " يأتي ذلك عقب عقد مجمع البحوث الإسلامية جلسة طارئة – السبت – أكد فيها أن مصر دولة إسلامية بنص دستورها مندداً بتصريحات رجال الكنيسة التي تهدد الوحدة الوطنية معتبراً أن هذه التجاوزات إنما تخدم الأهداف العدائية المعلنة عالمياً على الإسلام والمسلمين وثقافتهم وحضارتهم، مما يوجب على أصحاب هذه التجاوزات أن يرتقوا إلى مستوى المسئولية الوطنية، وأن يراجعوا أنفسهم وأن يثوبوا إلى رشدهم ، وفي السياق نفسه قال القس رفعت فكري كاهن الكنيسة الإنجيلية بأرض شريف بشبرا الكنيسة الإنجيلية ترفض التجاوزات والتجريح في الأديان لكنه في الوقت نفسه رفض القول بأن مصر دولة إسلامية حيث يري أنها دولة مدنية . وأضاف : التعرض للأديان أمر غير لائق تماماً من المسلمين أو الأقباط ، لأن الأنبا بيشوي بتصريحاته الأخيرة يكرر ما فعله الدكتور محمد عمارة و زغلول النجار وأبو إسلام ، موضحاً أن مشكلة الأنبا بيشوي الحقيقية تكمن في كونه يقدم نفسه للرأي العام علي أنه حامي حمي " الأرثوذكسية " وهي ليست حقيقة . وقال الدكتور رفيق حبيب المفكر القبطي أن بيان مجمع البحوث الإسلامية يعد استعادة لددوره في المواقف التي يجب أن يكون حاضرا فيها كما كان في عهد الشيخ طنطاوي ، و لا يمكن أن يكون حاضر دون أن يكون له مصداقية والتي ستتحقق بأن يأخذ المواقف التي عليه أن يأخذها ، مشيراً أنه يحاول استعادة دوره " تحت سلطة الدولة " وفي رأيه فإن البيان غير مبالغ فيه ومتوازن للغاية خصوصاً وأنه يأتي رداً علي تصريحات للكنيسة مؤخراً طالت هوية مصر والموقف من الفتح العربي و أخيراً التعرض لبعض النصوص القرآنية . وفرق حبيب بين اشتباك الكنيسة شبه الدائم مع الدولة لأنه اشتباك مع مؤسسات لا تحظي برضا المجتمع ، واشتباكها مع أغلبية المجتمع " المسلمة " بعقيدتهم وهويتهم ، موضحاً أن تجاهل الأنبا بيشوي للنص المكتوب للمحاضرة والزعم بأن وسائل الإعلام حرفت حديثه يعكس بحثه عن مخرج لغلق القضية فقط . بدوره يري كمال زاخر منسق جبهة العلمانيين الأقباط أن رد فعل مجمع البحوث الإسلامية علي الأنبا بيشوي كان متوقعاً ومبرراً نظراً لخطأ بيشوي في تصريحاته سواء في التوقيت أو المكان ، حيث جاءت تصريحات في أعقاب وصفه للأغلبية بأنهم ضيوف ، والتي تم توزيع نصها في مؤتمر " رسمي " للكنيسة تحت رعاية البابا شخصياً ، ونحن علينا أن نعترف أن هناك خلافات جوهرية بين الإسلام والمسيحية ولكن ليس من اللياقة طرحها جماهيرياً ، فعلينا أن نطرحها في النقاشات العلمية فقط وقد آن الأوان لسن تشريع يجرم التعرض للأديان الأخري تحت أي بند . ومن جهته قال جوزيف ملاك مدير مركز الكلمة لحقوق الإنسان بالاسكندرية أن المركز يستنطر أي إساءة للأديان السماوية ، مطالباً بتأسيس لجنة للحكماء تضم عقلاء الأقباط والمسلمين للحد من الإساءة للديانتين.
