أكد رئيس الجمعية الشرعية، محمد المهدي، أن الجمعية التي يرأسها حريصة على تطبيق القانون، وتقف على مسافة قريبة من وزارة الأوقاف، وحربها ضد الإرهاب، مشيرا إلى أن لوكلاء الوزارة الحق في التعامل مع المساجد المخالفة حتى وإن كانت تابعة للجمعية الشرعية. وأوضح أستاذ الدراسات العليا بكلية الدراسات الإسلامية، في تصريح خاص ل"الدستور الأصلي" أن ما يصدر من مخالفات عن مساجد الجمعية لا يعبر سوى عن أشخاص وليس عن كيان الجمعية الشرعية، التي تعمل على تطبيق وحماية المجتمع من الفكر المتطرف الإرهاب.
كانت بعض مساجد الجمعية الشرعية شهدت مخالفات فيما يخص تطبيق قانون الخطابة، الأمر الذي دفع وكيل الوزارة بالقاهرة الدكتور جابر طايع، إلى سحب تلك المساجد من الجمعية الشرعية وإخضاعها للوزارة.