أمرت نيابة حوادث جنوبالجيزة، برئاسة أسامة حنفى، بحبس مساعد سائق قطار البدرشين "العطشجى"، وكمسارى القطار و2 من مسئولى الصيانة بأسيوط، 4 أيام على ذمة التحقيق، وإخلاء سبيل مسئول آخر للصيانة قام بفحص القطار قبل الحادث بيوم واحد. تم استدعاء الخمسة للتحقيق معهم، عقب تسلم النيابة لتقرير اللجنة الثلاثية من أساتذة كلية الهندسة، المكلفة بفحص أسباب وقوع الحادث، وأثبت وجود إخلال جثيم فى أعمال الصيانة وفحص القطار قبل خروجه من أسيوط، وبناءً عليه وجه وجه أحمد حمزاوى مدير النيابة للمتهمين الأربعة المحبوسين، اتهامات القتل والإصابة الخطأ والإهمال.
اعترف مساعد سائق القطار خلال التحقيقات، أنه لم يقم بواجبه فى فحص العربات قبل خروجها من أسيوط، لأنه ذهب لإحضار جركن مياه للاستعانة به خلال الرحلة، وحينما عاد عمل على إنهاء إجراءات خروج القطار، بأن وقع بدلا من السائق فى دفتر الحركة بسلامة القطار واستعداده للقيام، أما الكمسرى فتنصل تماما من الإتهام الموجه إليه بالإهمال ومخالفة قواعد وتعليمات الأمن والسلامة بهيئة السكة الحديد، والتى تؤكد على ضرورة تواجد الكمسرى فى العربة الأخيرة من القطار تحسبا لأى ظروف طارئية، ولتمكنه من جذب فرامل الخطر لإيقاف القطار تماما فى حالة وجود أى خلل، لكن المتهم خالف كل ذلك تماما، وأقر أمام أحمد حلمى وكيل النيابة أنه استقر فى العربة الثالثة من القطار ولم يلقى بالاً لاحتمالات وقوع كارثة بهذا الحجم.
أما الإثنين الباقين المحبوسين فهما فنى ومشرف الصيانة يوم انطلاق قطار البدرشين، وواجهتهم النيابة بارتكاب أعمال كارثية كانت سببا حتميا لوقوع الحادث، كوجود عيوب فى الوصلات والتركيبات الخاصة بالفرامل، وعملية سير وتفريغ الهواء الضاغط المستخدم فى التحكم بالفرامل، علاوة على خلل أجهزة القطار وتفاوتها فى قراءة السرعة، وانعدام تسجيل الوقت فى شريط "ِATC" الذى من المفترض أن يكون أدق أجهزة القطار والميزان الفاصل بينها، ولكن المتهمان أصرا على إنكار الاتهامات الموجهة إليهم بالقتل والإصابة الخطأ والإخلال بمهام عملهم، وأكدوا أنهم أجروا الفحص الدورى على القطار وتبين لهم سلامته، فيما أكد الفنى الثالث الذى تم إخلاء سبيله أنه عاين القطار قبل الحادث بيوم، وأبدى ملاحظات عليه كان من المفترض أن يراعيها الفنيين قبل خروج القطار فى اليوم التالى الذى شهد الحادث.
