كشفت مصادر مطلعة عن أن الفريق القانوني برئاسة الجمهورية يقوم منذ فترة ببحث مدى تغيير قانون الأزهر، ووضع شروط جديدة لاختيار شيخ الأزهر والمفتي وهيئة كبار العلماء بجانب تعديل مواد قانون 103 لسنة 1960 والخاص بتطوير مناهج الأزهر. لا حديث داخل مشيخة الأزهر عن قرب صدور قرار أشبه بالمفاجأة من جانب الرئيس محمد مرسي على طريقة قرار إقالة المشير طنطاوي والفريق سامي عنان، حيث تسربت معلومات لمشيخة الأزهر عن عزم الرئيس على إصدار قرار بإجراء تغييرات بشأن قيادات الأزهر، ولكن المفاجأة الأكبر تتعلق بتغير قانون الأزهر رقم 13 لسنة 2012 بما يسمح بإجراء انتخابات على منصب شيخ الأزهر في أقرب وقت ممكن، وتغيير الاختيارات بهيئة علماء الأزهر التي تم اختيار بعض أعضائها من قبل الإمام الأكبر د. أحمد الطيب. وكشفت مصادر بمشيخة الأزهرعن أن مؤسسة الرئاسة تمارس منذ فترة ضغوطا على د. الطيب من أجل ضم بعض القيادات الإخوانية لهيئة علماء الأزهر على رأسها د. عبد الرحمن البر مفتي الجماعة باعتبار أنه تنطبق عليه جميع الشروط حيث إنه أزهري، وتولى عمادة كلية الدعوة الإسلامية سابقا، جاء ذلك في الوقت الذي تتردد فيه أنباء عن سعي الإخوان لتجهيز د. البر لخلافة د. علي جمعة في منصب مفتي الجمهورية، والذي سيصبح شاغرا في مارس المقبل بعد انتهاء التجديد الخاص بالدكتورعلي جمعة. وأكدت المصادر أنه قد تقرر بشكل نهائي عدم التجديد للدكتور جمعة، لافتة إلى أن قانون الأزهر الجديد ينص على أن يكون خليفة المفتي من أعضاء هيئة كبار العلماء بعد الترشيح من جانب الهيئة على أن يصدق رئيس الجمهورية على القرار. وقالت المصادر: التفاوض يجري الآن بين الأزهر والإخوان على قبول تعيين د. البر في عضوية هيئة كبار العلماء وإلا سوف يتم تعديل قانون انتخاب شيخ الأزهر، والذي تم إقراره من قبل المجلس العسكري ولقى انتقادات واسعة من جانب الإخوان والسلفيين. وكشفت المصادر عن صدور قرار بتغيير عدد كبير من قيادات الأزهر خاصة ممن لهم علاقة بالنظام السابق، حيث ينتظر أن يحدث تغير في منصب وكيل الأزهر وأمين مجمع البحوث الإسلامية واستبعاد عدد من مستشاري الشيخ وهو ما اعتبره د. أحمد الطيب تدخلا في الشئون الداخلية لمؤسسة الأزهر. في السياق ذاته تقدمت الدعوة السلفية بخطاب رسمي لمؤسسة الرئاسة من أجل تعديل قانون الأزهر رقم 13 لسنة 2012، بحيث يكون اختيار أعضاء هيئة كبار العلماء عن طريق الانتخاب وليس بالتعيين بقرار من شيخ الأزهر حيث يسعى السلفيون إلى تعيين أحد قيادتها الدينية بهيئة كبار العلماء ثم الوصول بخلافة المفتي.