نَبعت فكرة التكامل الإقليمي من خطة عمل لاجوس لعام 1980 وكذا معاهدة أبوجا لعام 1991 حيث فكرة إنشاء الجماعة الاقتصادية الإفريقية AEC للوصول إلى الولاياتالمتحدة الأفريقية، وتركز أسلوب العمل لتحقيق ذلك في "ترشيد التكتلات المقامة بالقارة" للحد من مشكلة العضوية المزدوجة للدول. كانت الخطوة الأولى هي تحقيق منطقة تجارة حرة يتم الانتقال منها إلى اتحاد جمركي وسوق مشتركة، وفي هذا الإطار بدأت التجمعات الثلاث (الكوميسا، السادك، جماعة شرق إفريقيا) بإجراء مفاوضات فيما بينهم لإبرام منطقة تجارة حرة والوصول إلى اتحاد جمركي. وتضم منطقة التجارة الحرة بين التكتلات الثلاث 26 دولة منها 19 بالكوميسا و5 دول بجماعة شرق إفريقيا (جمعيها أعضاء بالكوميسا سوى تنزانيا) و15 دولة بالسادك "جماعة تنمية الجنوب الإفريقي" منها 7 دول فقط غير أعضاء في الكوميسا هي: تنزانيا، وجنوب إفريقيا وبتسوانا وليسوتو وموزمبيق وناميبيا وأنجولا. الدول الأعضاء بكل تكتل من التكتلات الثلاث: تضم مجموعة الكوميسا كل من "مصر، السودان، كينيا، موريشيوس، زامبيا، زيمبابوي، جيبوتي، ملاوي، مدغشقر، رواندا، بوروندي، جزر القمر، أوغندا، اريتريا، أثيوبيا، سيشل، الكونغو الديمقراطية، سوازيلاند، ليبيا" ، بينما تضم جماعة شرق أفريقيا خمس دول هم "تنزانيا، كينيا، أوغندا، رواندا، بوروندي"، في حين تضم جماعة تنمية الجنوب الأفريقي (السادك ) دول "أنجولا، تنزانيا، الكونغو الديمقراطية، جنوب أفريقيا، زامبيا، زيمبابوي، سوازيلاند، سيشل، ليسوتو، ملاوي، مدغشقر، موزمبيق، ناميبيا، بتسوانا، موريشيوس". القمة الأولى للتكتلات الثلاث: عقدت القمة الأولى لرؤساء التكتلات الثلاث في 22 أكتوبر 2008 بأوغندا حيث تم تحديد مجالات التعاون المقترحة وتم الاتفاق على أن تقوم الأمانات الفنية للتكتلات الثلاث بتوقيع مذكرة تفاهم تنص على إنشاء منطقة تجارة حرة. القمة الثانية للتكتلات الثلاث: عقدت القمة الثانية للتكتلات الثلاث في 12 يونيو 2011 بجنوب أفريقيا وتم اعتماد نهج التنمية لعملية التكامل الثلاثي والتي تتركز على ثلاثة أعمدة وهي تكامل السوق وتنمية البنية التحتية والتنمية الصناعية، و الإعلان الخاص ببدء المفاوضات لإنشاء منطقة تجارة حرة بين التكتلات الثلاث، وخارطة الطريق لإنشاء منطقة تجارة حرة بين التكتلات الثلاث، مع وضع الإطار المؤسسي ومبادئ ومراحل التفاوض. وتم الإتفاق على أن المرحلة الأولى من المفاوضات ستتناول تحرير التعريفة الجمركية وقواعد المنشأ والتعاون الجمركي والموضوعات الجمركية ذات الصلة، القيود غير الجمركية، المعالجات التجارية، معايير الصحية والصحة النباتية، والقيود التقنية أمام التجارة وتسوية المنازعات، والتفاوض على تسهيل حركة رجال الأعمال في الإقليم بالتوازي مع المرحلة الأولى، وتركيز المرحلة الثانية على المفاوضات التجارية في مجال الخدمات والموضوعات التجارية ذات الصلة مثل سياسة الملكية الفكرية وحقوق المنافسة لتنمية التجارة والقدرة التنافسية، مع اجراء مفاوضات على مستوي التجمع الاقتصادي الإقليمي/ الدولة العضو. ووضع الإطار المؤسسي والذي ضم كل من المجلس الوزاري للتكتلات الثلاث، اللجان الوزارية القطاعية للتكتلات الثلاث، لجنة كبار المسئولين للتكتلات الثلاث، منتدى التفاوض التجاري للتكتلات الثلاث، وتم تحديد من 24 إلى 36 شهر للبدء والانتهاء من المرحلة الأولى وكذا تسهيل حركة رجال الأعمال، وتم تحديد فترة 24 شهر للانتهاء من المرحلة الثانية، مع اقرار أن يكون مشروع الاتفاق المعد من قبل السكرتارية هو الأساس الذي تم عليه التفاوض. تم تحديد مبادئ التفاوض وهي "العضوية للتكتلات الاقتصادي أو من خلال دول أعضاء/شركاء في منطقة التجارة، أسس متباينة، المرونة والمعاملة الخاصة والتفضيلية، الشفافية، البناء على الوضع الراهن، تعهد واحد فيما يتعلق بمختلف مراحل الاتفاقية، معاملة الدولة الأولى بالرعاية، المعاملة الوطنية، المعاملة بالمثل، التحرير الجوهري، اتخاذ القرارات بالإجماع. القمة الثالثة للتكتلات الثلاث: خلال فاعليات القمة الثانية للتكتلات الثلاث والتي عقدت في 12 يونيو 2011 بجنوب أفريقيا أعلنت مصر ترحيبها باستضافة القمة الثالثة للتكتلات الثلاث، علي أن يتم عقد القمة الثالثة للتكتلات الثلاث بتاريخ 10 يونيو 2015 بشرم الشيخ – مصر لإطلاق منطقة التجارة الحرة للتكتلات الثلاث والتوقيع على الاتفاقية الخاصة بذلك وهو ما سيكون له أثر سياسي إيجابي فى دفع التكامل الاقتصادى الافريقى. وتم عقد 12 اجتماع لمنتدى المفاوضات التجارية للتفاوض على مشروع الاتفاق ابتداءً من ديسمبر 2011 إلى مايو 2015 وتم التفاوض على الملاحق من خلال اجتماعات مجموعات العمل الفنية الأربعة المنبثقة عن المنتدى وهي "التعاون الجمركي"، "العوائق الفنية أمام التجارة وإجراءات الصحة والصحة النباتية والقيود غير الجمركية"، "قواعد المنشأ"، "المعالجات التجارية وتسوية المنازعات"، تم خلال الاجتماع الوزاري القطاعي الثالث الذي عقد في أكتوبر 2014 في بوجومبورا - بوروندي الانتهاء من التفاوض على مواد مشروع الاتفاق واعتمادها بالكامل. ثم قرر الاجتماع الوزاري أن تتولى مجموعة العمل الفنية المعنية بالمعالجات التجارية والتي تجري أعمالها حالياً في جوهانسبرج بصياغة مادة مناقشة الإجراءات التفصيلية للمعالجات التجارية في إطار المرحلة الثانية من التفاوض، علي أن تقوم التكتلات الثلاث بتطبيق أحكام التكتلات وأحكام منظمة التجارة العالمية خلال الفترة المؤقتة، بالاضافة إلى دراسة مقترح تطبيق الإجراءات الحمائية التفضيلية في إطار المفاوضات الجارية، كما تم الاتفاق على توفير برامج لبناء القدرات للدول الأعضاء حتى تتمكن من تنفيذ المعالجات التجارية نظراً لما تنطوي عليه من تعقيدات. وتم الانتهاء من 7 ملاحق للاتفاق وهي " القيود غير الجمركية، الصحة والصحة النباتية، القيود الفنية أمام التجارة، التعاون الجمركي، تسهيل التجارة، الترانزيت، تسوية المنازعات".
