أثار حكم البراءة على رموز نظام مبارك موجة من الجدل بين القوى السياسية، معربين عن توقعهم للحكم ورفضهم من البداية محاكمة نظام مبارك على جرائم جنائية فقط بقوانين وأدلة يتحمل نظامه مسئوليتها، كما طالبوا بتفعيل سياسات العدالة الانتقالية وقانون الغدر والمسئولية السياسية. ومحاكمة مبارك ونظامه سياسيًا وشعبيًا على جرائم 30 عامًا من حكمه. اعتبر مدحت الزاهد، القائم بأعمال رئيس حزب التحالف الشعبي الاشتراكى فى تصريح ل"بوابة الأهرام" أن عدم اللجوء للمحاكمات السياسية، التى تحاكم المسئولين بالدولة على جرائمهم السياسية المرتبطة بالجرائم الجنائية، والاكتفاء بمحاكمتهم على الجرائم الجنائية فقط -وفقا للقوانين الحالية التى وضعها نظام مبارك بالأساس- هو الذى أدى إلى مهرجان البراءات المتتالية، مطالبا بتفعيل قانون الغدر والمسئولية السياسية، وأطر العدالة الانتقالية لمحاكمة مبارك ونظامه عن جرائمه طوال 30 عاما من حكمه. وأكد الزاهد أن نهب المال العام وأراضي الدولة وتخريب مقدرات الشعب والقطاع الخاص والإفساد السياسي لن تسقط بالتقادم، ويجب صياغة تشريعات لمحاكمتهم عليها، وأعلن اعتزام الحزب التشاور مع القوى السياسية لتنظيم محاكمة شعبية لنظام مبارك. اتفقت معه د. كريمة الحفناوى، عضو تحالف العدالة الاجتماعية، مشيرة إلى أن القوى السياسية والثورية طالبت مرارا بتطبيق قانون الغدر الذى ينص على المسئولية السياسية، لأى مسئول بالدولة يستغل سلطته ونفوذه للتربح بأى شكل من الأشكال وارتكاب جرائم وفقا للقانون، سواء كان ذلك بتحقيق إفادة مباشرة لنفسه أو لغيره، ولكن للأسف لم يتم تفعيل هذا القانون، كما طالبوا برلمان الإخوان فى 2012 بإصدار تشريعات تحاكم وتحاسب نظام مبارك ولكنهم لم يقوموا بذلك لميلهم المستمر لعقد الصفقات، مضيفة "لقد تم إخبارنا من البداية أن المسار القانونى الحالى هو الذى سيكفل إرجاع الأموال المنهوبة، ولكن بعد البراءات المتتالية لم تعد الأموال ولم يتحقق القصاص؛ لذا لا مفر من تطبيق قانون الغدر والمسئولية السياسية فورا". وقال أحمد بهاء الدين شعبان، منسق الجمعية الوطنية للتغيير ورئيس حزب الاشتراكى المصرى: "مبارك مجرم واستطاع أن يفلت بالبراءة بسبب براعة المحامين وعجز القانون أمام توصيف جرائمه؛ لذا نطالب بمحاكمته سياسيا على جرائم نظامه فمن سيحاكم إذن على جرائم إهدار المال العام، وتجريف الحياة السياسية والفساد السياسي، وإهدار طاقات وموارد الأمة، وتراجع مكانة مصر فضلا عن تواطئه مع الإخوان وغيرها، والسماح لها بالنمو حتى أصبحت سرطانا يهدد مصر، ففى عهده كون الإخوان امبراطوريات اقتصادية وسيطروا على النقابات والجامعات" على حد قوله، مؤكدا أنه إذا فشل القانون فى محاكمة مبارك ونظامه، فالمحاكمات الشعبية هى البديل. وحذر فريد زهران، نائب رئيس الحزب المصرى الديمقراطى مما وصفه بالانفجار القادم بالشارع؛ نتيجة فقدان الشعب الثقة فى فعالية آليات القانون والتقاضى فى تحقيق العدالة والقصاص عقب صدور أحكام البراءة المتتالية لرجال الشرطة المتورطين فى قتل المتظاهرين ختاما بحكم محكمة القرن. واعتبر زهران أن الحديث أصبح متأخرا الآن عن المحاكمات السياسية، وأن الدولة أخطأت بتجاهل مطالب القوى السياسية من قبل بمحاكمات سياسية لنظام مبارك، مضيفًا " من غير المعقول أن نحاكم نظام بسياساته ورموزه وجرائمه الكبرى بحق الشعب والوطن على أساس انتقائي لجرائم لا توازى شيئا بجانب جرائمه الحقيقية طوال 30 عاما، مثل انتهاك الدستوروالقانون، وإفساد الحياة السياسية والاقتصادية والاجتماعية، وتزوير الانتخابات.. كيف سنحاسبه على تلك الجرائم إذن؟". واعتبر د.عمرو هاشم ربيع، الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية أن قانون الغدر، بوضعه الراهن، لا يصلح لمحاكمة مبارك، وأنه لابد من تعديله إذا أردنا مساءلة مبارك سياسيا. فيما وصف د.عصام خليل، سكرتير عام حزب المصريين الأحرار -والقائم بأعمال رئيس الحزب- المطالبة بمحاكمة مبارك سياسيا بالمزايدات، مضيفا " أندهش من مطالبات بعض القوى السياسية بالمحاكمات السياسية، ولا أعتقد أن لدينا قانونا بذلك فى المرحلة الحالية، لذا الأمر كله مزايدات للاستهلاك الإعلامى، ويجب أن ننظر للأمام ونتوقف عن العيش فى الماضى، وعلى الأحزاب القيام بدورها، وخوض انتخابات البرلمان لدفع مصر للأمام، وإصدار تشريعات قوية تمكن من إعادة فتح التحقيق بالقضية؛ لأن الشعب يجب أن يعلم من الذى قتل المتظاهرين طالما تم تبرئة مبارك وداخليته".
