دفع المحامى "منتصر الزيات" عضو فريق الدفاع عن متهمى القضية المعروفة اعلاميًا ب"خلية الظواهرى" بعدم اختصاص محكمة جنايات القاهرة التى تنظر الدعوى، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى، نظرًا لعدم اختصاصها مكانيًا. فيما أبدى"الزيات" دفعًا آخر بمستهل مرافعته، ببطلان المحاكمة لعدم علانيتها، دافعًا ببطلان التحقيق الإبتدائي والاستجوابات للمتهمين والاعترافات الصادرة عنهم، لعدم حضور محامي موكل معهم أثناء التحقيقات، ليضيف كذلك بدفعٍ آخر ببطلان التحريات لعدم جديتها. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.