أكد د.محمود عزب - مستشار شيخ الأزهر- أن إصدار وثيقة الأزهر ليس الهدف منها جر الدولة للدين؛ فالأزهر يفرق بين السياسة والوطنية ومنحاز للوطن، كما أن الوثيقة طرحت بمشاركة عدد من المثقفين أكثرهم من خارج الأزهر. وقال عزب إن الوثيقة صادرة عن ما أسماه الأزهر الجديد الذى ولد منذ عام فقط، حيث أصابه ما أصاب كل مؤسسات الدولة طوال الثلاثين عاما الماضية من التهميش والإضعاف، مستدركا بأن المؤسسة الدينية كانت يقظة طوال هذه الفترة، وتبحث عن فرصة للعودة لنفسها؛ باعتبارها مدرسة عليا لعلوم الدين. جاء ذلك خلال ندوة "وثيقة الأزهر...تدشين للدولة المدنية أم تدعيم للدولة الدينية؟" التى أقامها مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان الاثنين وأدارها بهى الدين حسن رئيس المركز. وحيث أشار عزب إلى أن الوثيقة لم تورد لفظ "الدولة المدنية" لأن الأغلبية الساحقة من المصريين تعرف معناها وترفض غموضها، وفسرتها الوثيقة فى أربعة مرادفات هى دولة (وطنية - دستورية- ديموقراطية - حديثة). من جانبه، رفض د.أحمد عبد المعطي حجازي - الكاتب والشاعر - شرط المرجعية الإسلامية للدولة المدنية، حيث أن الدولة المدنية غير معادية للدين، خاصة عند الشعب المصرى لأن الدين مكونه الأساسى، مستطردا "لا يمكن أن يفكر أحد فى المساس بالدين إنما المتطرفون يخترعون خطرا يهدد الدين". وأكد حجازي أنه لا توجد دولة وطنية بمرجعية دينية؛ والحديث عن المرجعية الإسلامية توفيق بين مايردده حزب الحرية والعدالة التابع لجماعة الإخوان المسلمين والدستور الإسلامى، ومانادى به الثوار بتأسيس دولة مدنية، وأضاف "لا يمكن التوفيق بين الدولة المدنية والمرجعية الدينية، وأما أن نقبل بفصل السلطات ونقول إن الأمة مصدر السلطات، ففرض الشريعة قيد وحرمان من ممارسة السلطات التشريعية". وطالب حجازي الأزهر الشريف بالإعتذار عن أخطائه الماضية وليس الإعتراف بها فقط، ملوحا بكتاب "تاريخ الإصلاح فى الأزهر" الذى ألفه عبد المتعال السعيد عن الشيوخ الذين وقفوا ضد إصلاح المؤسسة الدينية، وتحالفوا مع الحكومات الرجعية وحاربوا الفكر الجديد. من جانبه، اعترض د.محمد كمال الدين - أستاذ القانون بجامعة الإسكندرية - على حديث حجازي قائلا "يريد أن نختزل الدين في العقيدة ..وعلى المصريين أما أن يأخذوا بهذا أم لا، في حين أن ال80 مليون يؤمنون بالشريعة باعتبارها عقيدة، ويبحث عن تشريعات مدنية وهذا لم يقوله أحد من المسلمين الذين أسسوا الدولة القومية في مصر"، مشددا على ضرورة قراءة الدستور الإسلامي. وأشار إلى أن المرجعية الإسلامية يقصد بها الحضارة والثقافة الإسلامية التى شارك فيها المصريون واليهود وغيرهم، مؤكدا أن الوثيقة نقطة بداية جادة للحظة الراهنة المليئة بالسيولة الفكرية، فضلا عن أنها لا تمثل موقف الأزهر. من ناحيته، قال د.حازم حسني - الأستاذ بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية بجامعة القاهرة- إنه ضد وثيقة الأزهر ، منبها بأنها مليئة بالألفاظ والمصطلحات والألغام، وتوضح أن فكرة تنظيم الإخوان داخل كل المؤسسات، وهو ما اتضح من تفسير مستشار الأزهر، فضلا عن أنها تدعو لدولة دينية.بحسب موقع "أخبار مصر". وانتقد حسني المادة الأولى التى تحتكم إلى أن التشريع مصدره الدين الإسلامى الصحيح، متسائلا "من يحكم فى المفهوم الإسلامى الصحيح؟"، لافتا إلى أن الوثيقة خطرها يكمن فى الأزمة الحقيقية التى يعيشها المثقفون فى مصر. فيما يرى د.سمير مرقص -عضو المجلس القومى لحقوق الإنسان- ان الوثيقة تعكس وتعيد ما وصفه إسلام الخبرة المصرية، وهو من الموقعين على الوثيقة.