شهدت الجامعات المصرية الفترة الأخيرة، اضطرابات شديد بسبب تنظيم الطلاب المنتمين لجماعة الإخوان المحظور تظاهرات يوميه، تحولت أغلبها إلي ساحات للقتال، ففي جامعة الازهر استخدامت الشماريخ، وشهدت جامعة الأزهر واقتحام مدرجات الدراسة والمبنى الإدارى للجامعة على يد طلاب الإخوان، كذلك تم تعطل الدراسة فى جامعة المنيا. الامر الذي دفع المجلس الاعلى للجامعات المصرية إلى إبرام اتفاقية مع وزارة الداخلية، والتى يسمح من خلالها بتدخل الشرطة بناء على طلب رئيس الجامعة للسيطرة على أعمال العنف. من جانبه، قال الدكتور أحمد رئيس جامعة المنصورة إنه تم اتفاق مع أساتذة الجامعة على السماح بالتظاهر بشكل سلمى، مشيرا إلى أنه عندما أدرك أن بعض الطلاب خرجوا عن السلمية طبقت القانون ولم يفرق فى ذلك بين طالب وأستاذ أو طالب وطالب آخر . وتابع خلال مداخلة هاتفية مع الإعلامية لميس الحديدي فى برنامج "هنا العاصمة" على فضائية "سي بي سي" مساء اليوم السبت، قائلا: "من يتظاهر فى الجامعة لا يتجاوز400 طالب من إجمالي 105 آلاف طالب وطالبة". ونوه رئيس جامعة المنصورة إلى إحالة بعض الطلاب إلى المحامى العام بالمنصورة بسبب أعمال الشغب والتظاهر غير السلمى التى شهدتها الجامعة مؤخرا، وأوضح أن العقوبات فى الجامعة متدرجة وفقا لفعل الطالب، بحيث تبدأ بالتحذير الشفهى وتنتهى بالفصل النهائى من الجامعة . وفى سياق متصل كشف محمد محمدين رئيس جامعة قناة السويس عبر مداخلة هاتفية عن كواليس اجتماع المجلس الأعلى للجامعات، حيث أقر المجلس بحق الطلاب فى الحرية والتظاهر دون استخدام العنف، كما أوضح أنه تم الاتفاق أيضا على أن الشرطة من حقها التدخل بطلب من رئيس الجامعة لإنهاء أى أعمال شغب. من جانبة، أيد الدكتور فرحات أستاذ الهندسنة بجامعة القاهرة الاتفاقية وقعها الاعلى للجامعات مع وزارة الداخلية، والتى يسمح بتدخل الشرطة بناء على طلب رئيس الجامعة للسيطرة على أعمال العنف. وتابع :" وجهة نظرى الشخصية أن الجامعات محراب للعلم وليس للاقتتال السياسى، وليست ساحات للإقتتال، ولابد من وجود الشرطة خارج الجامعات لتفتيش الطلاب، مشددا على ضرورة منح حق الضبطية القضائية للأمن المدنى.
