يعد الدكتور محمد مرسى أحد أبرز الوجوه السياسية المنتمية لجماعة الإخوان المسلمين التى ظهرت على الساحة السياسية فى السنوات الأخيرة ، يعمل مرسى أستاذ ورئيس قسم المواد بكلية الهندسة بجامعة الزقازيق ، انتخب عام 2000 عضوا بمجلس الشعب عن جماعة الاخوان وشغل موقع المتحدث الرسمي باسم الكتلة البرلمانية للاخوان. وفى اخر انتخابات لمجلس الشعب 2005 حصل على أعلى الأصوات وبفارق كبير عن أقرب منافسيه ولكن تم إجراء جولة إعادة أعلن بعدها فوز منافسه. أنتخبه مجلس شورى الأخوان في 30 أبريل 2011 رئيسا لحزب الحرية والعدالة الذي تنشئه الجماعة بجانب انتخاب عصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينًا عامًّا للحزب قررت جماعة الأخوان المسلمين فى خطوة مفاجئة الدفع به لخوض الانتخابات الرئاسية ، مرشحاً ثانياً لها بعد الدفع بالمهندس خيرت الشاطر ، ويرى كثير من المحللين أن الجماعة رشحت الدكتور محد مرسى بعد ظهور موانع قانونية تتعلق بشروط العفو الذى صدر بحق الشاطر تمنعه من الترشح على مقعد رئاسة الجمهورية ، صرح مرسى فى حوار سابق لإحدى الجرائد اليومية قبل انتخابات 2010 بأن الإخوان لن تدفع بمرشحين أمام الدكتور زكريا عزمى رئيس ديوان رئيس الجمهورية السابق والمهندس أحمد عز أمين تنظي السابق للحزب الوطنى ، والدكتوزر فتحى سرور رئيس مجلس الشعب الأسبق ، والدكتورة فايزة أبو النجا وزيرة التعاون الدولى لأنهم رموز وطنية وهو ما أخذ عليه كقيادى فى جماعة معارضة كانت تتهم أنذاك بأنها محظورة ، ويرى الدكتور جمال سلامة أستاذ العلوم السياسية بجامعة قناة السويس أن فرص مرشح الجماعة أيا كان سواء الشاطر أو مرسى تعد ضعيفة بالمقارنة بالشعبية الكبيرة للدكتور عبد المنعم أبو الفتوح القيادى الاخوانى السابق والمرشح الحالى لرئاسة الجمهورية ، ويرى سلامة أن جولة الأعادة ستكون بين الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح وبين السيد عمر سليمان . ولعب مرسى دوراً هاماً فى صفقة إنتخابات 2005 بين جماعة الأخوان المسلمين وبين الحكومة المصرية والتى أسفرت عن حصول الأخوان على 88 مقعدا من مقاعد البرلمان وهو رقم لم تحصل عليه الجماعة فى تاريخها حتى مطلع 2011 .
