يعد مسجد السيدة نفيسة واحد من أشهر مساجد القاهرة، فيه ضريح السيدة نفيسة العلم، حفيدة الإمام على بن أبى طالب، التى ولدت بمكةالمكرمة عام 145 هجرية، وجاءت إلى القاهرة عام 193 مع زوجها إسحق المؤتمن بن جعفر الصادق، وأقامت فى مصر نحو 15 عاماً، حتى توفيت يوم الجمعة الأولى من شهر رمضان عام 208 هجرية. ويستقبل هذا المسجد زواراً من جميع أنحاء مصر والدول العربية لما لهذه السيدة العظيمة من مكانة فى قلوب الجميع، حيث عُرفت بتقواها وورعها ولقبت بكريمة الدارين، واشتهرت بدعائها المستجاب الذى فاض النهر له. فقد ولدت السيدة نفيسة فى مكة ورحلت إلى المدينة وعمرها 5 سنوات، وتلقت العلم فى المسجد النبوى الشريف على أيدى أعظم علماء عصرها، واشتهرت بعلمها الغزير لذلك لقبت بنفيسة العلم، وكانت عابدة تقول عنها ابنة أخيها زينب بنت يحيى المتوج « خدمت عمتى 40 عاماً فما رأيتها نامت الليل ولا أفطرت بالنهار» وحجت ثلاثين مرة معظمها سائرة على قدميها، وحفرت قبرها بيديها وقرأت فيه القرآن 190 مرة وكانت تصلى فيه كثيراً، وماتت، وهى تقرأ سورة الأنعام عند قوله تعالى: «لهم دار السلام عند ربهم وهو وليهم بما كانوا يعملون» صدق الله العظيم. وكان للسيدة نفيسة مكانة عظيمة عند المصريين الذين رحبوا بها عند قدومها إلى مصر ترحيباً عظيماً، وراحوا ينهلون العلم منها، وبعد وفاتها أصبح مقامها ومسجدها قبلة للزوار، وحيكت حولها القصص والحكايات والمعتقدات التى أصبحت راسخة فى أذهان العامة، فلأنها كانت مستجابة الدعاء، حتى إن الله تعالى استجاب لدعائها وأمر النهر بالفيضان، اعتقد المصريون أن الدعاء لديها مستجاب، لذا تأتيها الراغبات فى الزواج من كل حدب وصوب، ويتوسل بها البعض إلى الله تعالى ليقضى حوائجهم وهو ما نهى عنه علماء الدين. أما مسجدها، فقد مر بعدة مراحل على مر العصور، حيث كان الوالى الأموى السرى بن عبد الله هو أول من بنى مسجداً على ضريحها، ثم أعيد البناء مرة أخرى فى عهد الدولة الفاطمية ودون على باب الضريح عبارة « نصر من الله وفتح قريب لعبدالله ووليه معد بن تميم الإمام المستنصر بالله أمير المؤمنين»، وفى عهد الخليفة الحافظ لدين الله حدث تصدع للقبة فتم تجديدها وكُسى المحراب بالرخام عام 532 هجرية، ثم عمّره الأمير عبدالرحمن كتخدا فى عصر الدولة العباسية وبنى المسجد على هيئته الموجودة حالياً، وجعل طريقاً لزيارة النساء مختلفاً عن طريق الرجال وذلك عام 1163 ميلادية، وكتب على باب الضريح بماء الذهب «عرش الحقائق مهبط الأسرار قبر النفيسة بنت ذى الأنوار حسن بن زيد الحسن نجل الإمام على بن عم المصطفى المختار».