انتقل الخلاف بين الحكومة والنواب الذى أثارته المادة 29 من الفصل الخاص بالشئون المالية والإدارية لمشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات إلى الأوساط السياسية، فالبعض رأى بأحقية الحكومة فى الاعتراض على التعديلات التى اجرتها اللجنة المشتركة من لجنة الشئون الدستورية والتشريعية ومكتبي لجنتي القوى العاملة والخطة والموازنة، معتبرين انها يشوبها عوار دستوري. بينما رأى آخرون أن البرلمان لم يخطئ فى التعديلات التى أجراها على مشروع الحكومة، وان المادة بعد تعديلات اللجنة المشتركة عليها لا يصابها العوار الدستورى. وتضمنت التعديلات التى أضافتها اللجنة المشتركة ولاقت اعتراض الحكومة، إدراج ما خصصته الدولة للهيئة من موارد في الموازنة العامة في رقم (1) يتم توزيعه بمعرفة رئيس الهيئة في السنة المالية, فضلا عن حذف اللجنة المشتركة المورد الثاني للهيئة والذي نص على «أي موارد أخرى يوافق المجلس على إدراجها ضمن مواردها بالتنسيق مع الجهات المختصة». وقال الدكتور صلاح فوزي، أستاذ القانون الدستوري، إن رأي الحكومة صائب، لافتًا إلى أن نص المادة المعدلة يخالف الدستور الذى نص على أن موازنات الهيئات الجهات القضائية والقوات المسلحة فقط التى يتم إدراجها برقم (1) فى الموازنة العامة للدولة. وأكد أن البند الثاني من المادة كان يجب أن يكون محدداً أكثر من ذلك في تحديد الموارد التى يجب إخضاعها للجهات المختصة، مثل الاعانات أو الهدايا أو قروض، موضحً أنه يتق مع اعتراض الحكومة على بندي المادة. بينما رأى الدكتور طارق فهمي، استاذ السياسة بجامعة القاهرة، أن المادة واضحة ولا تحمل اى عوار دستوري وإنما اعتراض الحكومة على نصها جاء نتيجة الخوف من السلطة المطلقة التى أعطتها المادة لرئيس الهيئة فى توزيع الموارد فى الفصل المالي وهو ما قد يضع الموارد فى حيز الامور الشخصية. وأوضح أن المادة لا تعتبر محور خلاف رسمي بين الحكومة والنواب وأن الطرفين سيقومان فى النهاية بالتوافق على النص وتغيير بعض المصطلحات إذا تطلب الأمر، مؤكدًا ان البرلمان وافق على المواد محور الخلاف وهم: 8 و9و10و11، لذلك فإنه سيوافق على مرورالقانون بشكل كامل دون الاعتراض على اى مادة.
