قام أنصار حزب الحرية والعدالة في انتخابات المرحلة الثانية بتجاوزات عديدة أمام اللجان فقد قاموا بتعليق ملصقات دعائية أمام اللجان في محافظة الجيزة في دائرة "أوسيم". وقامت سيدات الحزب بتوجيه الناخبات لانتخاب حزبهم معللين ذلك " أن من لا ينتخب الحرية والعدالة سوف يدخل النار"، مما اضطر أيمن البشبيشي المرشح المستقل بتحرير محضر برقم 4992 ضد هذه التجاوزات. من ناحية أخرى اعترض اللواء هاني أباظة مرشح الوفد في الشرقية على قيام موظفي اللجان بلجنة 613، 372، 373، 376 بمدرسة عبدالله النديم بتوجيه الناخبين للتصويت لصالح حزب الحرية والعدالة وهدد أباظة بتحرير محضر بعد عدم استجابة رئيس اللجنة لمطلبه بوقف هذه التجاوزات . أما في محافظة سوهاج فقد شهدت اللجنتان 202، 203، بمدرسة الدارة والخدمات بمدينة طهطا دخول مندوبي حزب الحرية والعدالة وقيام عدد من الموظفين بتسويد البطاقات الانتخابية لصالح الحزب وبناء عليه قام أحمد هريدي مرشح الوفد بتحرير محضر بالواقعة برقم 2474 بقسم شرطة طهطا . وفي محافظة بني سويف شهدت مدرسة بني سليمان مركز الواسطى اشتباكات داخل اللجنة بين أنصار حزب الحرية والعدالة والكتلة المصرية بسبب التصويت الجماعي للطرفين كما شهدت اللجنتان رقم 245، 246 بمدرسة صلاح سالم منع عدد من الناخبين من التصويت بحجة انتهاء صلاحية رقمهم القومي.