أبدي بعض علماء المؤسسة الدينية في مصر استياؤهم من احتكار فضيلة الدكتور محمد سيد طنطاوي لسوق تأليف الكتب الدينية خاصة الشرعية والمقررة علي طلاب المعاهد الأزهرية والتي بلغت حوالي 15 كتابا تم فرضها علي طلاب المعاهد الأزهرية في مراحلها المختلفة. واعتبر العلماء أن ما يقوم به شيخ الأزهر هو نوع من إلغاء وجودهم ومكانتهم العلمية والظهور بمظهر العالم والعارف الوحيد في العلوم الشرعية وهو قول مناف للحقيقية . وأضافوا أن شيخ الأزهر الدكتور طنطاوي لم يكتف بمهامه الكثيرة في المشيخة ومجمع البحوث الإسلامية وخلافه ، ولكنه قرر أن يستأثر وحده دون غيره بتأليف جميع كتب العلوم الشرعية ، ليس فقط في تخصصه تفسير القرآن ، وإنما احتكر تأليف 15 كتابا تم فرضها علي الطلاب. وقال أحد مؤلفي كتب الأزهر – رفض ذكر اسمه – أنه منذ عام 2000، وبعد بدء السنة الدراسية بشهر واحد، تسلم الطلاب كتب العلوم الشرعية المقررة ، ثم فوجئوا بإدارات المعاهد الأزهرية تجمع الكتب منهم، بحجة إلغائها، وتوزيع كتب علوم شرعية جديدة عليهم أغلبها من تأليف شيخ الأزهر ، وهي كتب طبعتها شركات خاصة وجري إعادة طبعها مرة أخري علي نفقة قطاع المعاهد الأزهرية. وأضاف أن فضيلته قرر احتكار تأليف الكتب الدينية ، ليصبح هو المصدر الأوحد للعلوم الشرعية رغم أن فضيلته خريج كلية أصول الدين والدعوة ، قسم (تفسير القرآن) ، وحصل علي درجة الدكتوراه في رسالة بعنوان (بني إسرائيل في القرآن) ، أي أن تخصصه هو تفسير القرآن فقط دون غيره من العلوم الشرعية، ومع ذلك استطاع د. طنطاوي بالرغم من مهامه الكثيرة تأليف العديد من الكتب والتي أصبحت بين يوم وليلة مقررات دراسية علي طلاب الأزهر. واتفق معه زميل أخر على احتكار شيخ الأزهر للكتب المدرسية بقوله أن لفضيلته الآن كتاب "الفقه الميسر" ثلاثة أجزاء مقررة علي طلاب المرحلة الإعدادية، وكتاب (الوسيط في الفقه الميسر) المقرر علي طلاب المعاهد الأزهرية بشكل عام واضاف ان لفضيلته كتاب (مباحث في علوم القرآن) ويتناول علوم القرآن وسوره وأسباب نزولها، و(كتب تفسير القرآن) وهي موزعة علي المرحلتين الإعدادية والثانوية الأزهرية، كتاب (مباحث في علم التوحيد) وهو يتناول الحديث عن صفات الذات الإلهية والأيمان والأمور العقائدية وهي مؤلفات تتبع قسم العقيدة والفلسفة بكلية أصول الدين وليس قسم التفسير. وهناك كتاب (مباحث في علم النبوات والسمعيات) والذي يتناول فيه الحاجة إلي الأنبياء وعددهم ومعجزاتهم، بالإضافة إلي العديد من المؤلفات الأخرى مثل مصطلحات الحديث وغيرها.