ادانت هيئة علماء المسلمين الممارسات الإرهابية وغير الأخلاقية التي قام بها الاحتلال الأمريكي بحق المعتقلين في سجن بوكا والتي تتعارض مع كل الاتفاقات الدولية والقوانين الخاصة بالأسرى والمعتقلين التي تدعي دول الاحتلال الرجوع إلى شرعيتها!!. ودعت الهيئة - في تصريح صحفي - المجتمع الدولي والمنظمات الإنسانية كافة إلى الالتفات - ولو قليلاً - إلى هذه الفئة من العراقيين المضطهدين، وطالبتهم بالتدخل لرفع المعاناة عنهم ووضع حد لجرائم الاحتلال وأعوانه بعد أن تجاوزوا كل الأخلاق والأعراف البشرية. كما حملت الهيئة الاحتلال والحكومة الحالية المسؤولية الكاملة عن تردي أوضاع المعتقلين وعما يصيبهم بسبب ذلك أو جراء احتجاجهم. وكانت هيئة علماء المسلمين قد علمت من مصادرها بأن عدداً من المعتقلين في سجن بوكا سيئ الصيت في أم قصر بمحافظة البصرة قد جرحوا وأصيب آخرون بحالات اختناق وتسمم نتيجة استعمال قوات الاحتلال الأمريكي المسؤولة عن السجن الغازات المسيلة للدموع والضرب المبرح. وسبب ذلك هو قيام المعتقلين بحركة اعتصام وتظاهر احتجاجاً على سوء أحوالهم وعدم تقديمهم إلى محاكمات عادلة إذ لا يزال كثير منهم يقبع في المعتقل منذ أشهر أو سنة أو أكثر. ويبلغ عدد المعتقلين في هذا السجن الآلاف، أغلبهم ينتمي إلى طائفة معينة ولم يعرضوا على القضاء. يذكر أن هذه ليست المرة الأولى التي يحدث فيها اعتصام للمعتقلين في سجون الاحتلال والحكومات المنصبة في زمانه، ولكن يجري التعتيم عليها إعلامياً لتجميل صورة الجلادين التي فضحتها جرائم أبي غريب والجادرية وبعقوبة وغيرها مما خفي وكان أعظم. كما ادانت هيئة علماء المسلمين اعتقال الشيخ (مثنى حميان الراوي) عضو هيئة علماء المسلمين وإمام وخطيب جامع الرافع في حي الخضراء غرب بغداد على ايدي قوة مما يسمى ب"حفظ النظام" التابع لوزارة الداخلية عندما داهمت هذه القوة المسجد أثناء تأدية المصلين صلاة العشاء، وقامت ايضا بالتقاط صور لهم. واكدت الهيئة - في تصريح صحفي– ان هذه الجريمة الإرهابية تؤكد للقاصي والداني حقد هذه القوات على حرمات المسلمين والقائمين عليها، محملة الاحتلال والحكومة الحالية المسؤولية الكاملة عنها وعن مثيلاتها من الجرائم التي يعاني منها أبناء شعبنا الأبي على مدار الساعة، كما حملتهما مسؤولية الحفاظ على سلامة الشيخ المعتقل، وطالبت بإطلاق سراحه فوراً. يذكر أن الشيخ الراوي كان قد تعرض للاعتقال على أيدي قوات الاحتلال والحرس الحكومي بتاريخ 13/4/2005 م مع القائمين على جامع سعد بن أبي وقاص في منطقة العلاوي ببغداد، وصاحب ذلك تمزيق المصاحف الشريفة وتخريب متحويات المسجد.