تنظر محكمة القضاء الإداري اليوم الدعوي المرفوعة من المحامي نبيه الوحش، والتي يطالب فيها بإخضاع أموال الأديرة والكنائس للجهاز المركزى للمحاسبات، والكنائس والأديرة لعمليات التفتيش من قبل وزارة الداخلية في أي وقت، أسوة بالمساجد والزوايا التي تخضع لرقابة الأمن. ويدعو الوحش إلى إصدار حكم قضائي يلزم رئيس مجلس الوزراء ووزير الداخلية بتقديم مشروع قانون بهذا الشأن، استنادًا إلى المادة 40 من الدستور المصرى التي تنص على أن المواطنين لدى القانون سواء.
ويقول الوحش إن المادة المذكورة تنص على أن المواطنين متساوون فى الحقوق والواجبات العامة لا تمييز بينهم فى ذلك بسبب الجنس أو الأصل أو اللغة أو الدين أو العقيدة، وبالتالي يجب أن تخضع أموال الأديرة والكنائس للجهاز المركزى للمحاسبات، أسوة بوزارة الأوقاف والمساجد، مع ضرورة إحضاع الكنائس للتفتيش مثل دور العبادة الإسلامية.
من جانبه، يرفض البابا شنودة إخضاع الكنيسة لأية رقابة مالية أو أمنية، بدعوى أن شئون الكنيسة تخصها وحدها وليس من حق أحد التدخل فيها، فيما يطالب علمانيون أقباط بدور لهم في إدارة الشئون المالية للكنيسة وتفرغ الاكليروس للحياة الروحية.
ويعتمد تمويل الكنيسة على عدة مصادر؛ على رأسها ضريبة العشور، وتبرعات الأقباط، فضلا عن أموال يتم تحويلها من مسيحيى المهجر للبابا شنودة سنويا؛ وهو ما أكده القس الراحل إبراهيم عبد السيد في كتابه عن "أموال الكنيسة القبطية"، وتم على إثرها إيقافه لمدة غير محددة من قبل محاكمة كنسية برئاسة الأنبا بيشوي، سكرتير المجمع المقدس.
كذلك، لا تقتصر ممتلكات الكنيسة على الأديرة والكنائس فحسب؛ فهناك العقارات التي تؤجرها الكنائس، والأراضي الزراعية التي تمتلكها، بجوار الأديرة، ومئات المستشفيات والمدارس، بخلاف المشروعات الاقتصادية الضخمة التي تشارك فيها قيادات الكنيسة.
وتتم إدارة الكنيسة الأرثوذكسية عبر المجمع المقدس (الأساقفة)، الذي يتولى الجانب الروحي في الكنيسة، والمجلس الملي وهو المنوط بالشئون المادية والإدارية، والاثنان يرأسهما البابا شنودة، ويقتصر الأخير على عدد من كبار السن من المسيحيين الأثرياء، بالإضافة لاثنين من رجال الكهنوت كأعضاء فيه، وهما: القمص صليب متى ساويرس، والقمص بطرس -رغم أنه مجلس للعلمانيين- لمراجعة القرارات التي يتم اتخاذها.
