شهدت الجامعات المصرية خلال العام الماضى 1552 حالة انتهاك بواقع 761 طالبًا قبض عليهم، و523 جزاءً تأديبيًا أصدرته إدارات الجامعات ضد الطلاب دون المثول لمجالس تأديبية عادلة، جاء ذلك خلال تقرير أصدرته مؤسسة حرية الفكر والتعبير، عن وضع الجامعات المصرية خلال العام الدراسى 2014م-2015م، تحت عنوان "الجامعة تحت الحصار". واستعرض التقرير أعداد وهوية الطلاب المقبوض عليهم، الذين تعرضوا لجزاءات تأديبية، والمحالين للقضاء العسكرى فى وقائع تمت داخل الحرم الجامعي وفقا لقانون حماية المنشآت رقم 136 لسنة 2014م، إضافة لحصر الطلاب القتلى داخل الجامعات أو في محيطها، وانتهاكات أخرى تشمل اقتحام الجامعات، إتلاف ممتلكات عامة وخاصة، فض تظاهرات، تعدي بالضرب أو إصابة، احتجاز إداري، قرارات تعسفية، منع فعالية سياسية، منع من دخول الجامعة، وتهديد إداري. وأشار التقرير إلى أن السلطة حولت الجامعات إلى منشأة عسكرية طبقًا لقانون حماية المنشآت، وأطاحت بحق الطلاب في المثول أمام قاضيهم الطبيعي، وبالتالي ضمانات المحاكمة العادلة، حيث أحيل 89 طالبًا وطالبة للقضاء العسكري، كما رصد 176 انتهاكًا تنوع بين اقتحام جامعات، إتلاف ممتلكات، احتجاز إداري، تعدي بالضرب، فض تظاهرات، منع فعاليات سياسية، منع دخول الجامعة وتهديد إداري. وقدم التقرير فى نهايته نماذج لحالات انتهاك الحرية الأكاديمية، شملت تدخل إدارات الجامعات ووزارة التعليم العالي في عمل أعضاء هيئة التدريس والباحثين الأكاديميين، بالإضافة للقيود المفروضة على حرية البحث والنقاش والتدريس، والتي تؤثر بالسلب على التعليم والبحث العلمي.