حذرت "كتائب شهداء الأقصى" الذراع العسكري لحركة "فتح" من إسقاط برنامج المقاومة لدى الحركة خلال المؤتمر العام للحركة، وذلك في إطار عدم نية تنسيب أيٍّ من قادة الكتائب لعضوية المؤتمر، مطالبةً بالالتفاف حول إعادة تفعيل حقها في ممارسة المقاومة بكل أشكالها وعلى رأسها الكفاح المسلح، وعدم إسقاط هذا الخيار تحت أي ظرف. و قال علاء طافش "أبو إبراهيم" الأمين العام ل"كتائب شهداء الأقصى في فلسطين- مجلس شورى مجموعات الشهيد أيمن جودة" في تصريحٍ مكتوبٍ له : "تلقيت بعض المؤشرات والإيحاءات من خلال الاتصالات التي قمت بها مع بعض الإخوة قيادات الحركة، ومنهم في اللجنة المركزية للحركة، بأنه لا توجد عضوية لأيٍٍّ من قيادات الذراع العسكري لحركة "فتح" في المؤتمر الحركي العام السادس المزمع عقده، ومن هنا أنظر ببالغ الخطورة والأهمية لهذا الأمر، رغم أنني تلقيت سابقًا ومن الكثير من قيادات الحركة تأكيدًا على تنسيب بعض كوادر وقيادات الأذرع العسكرية لعضوية المؤتمر، وذلك لأنهم يشكِّلون جسمًا شرعيًّا مهمًّا داخل الإطار العام للحركة". واعتبر طافش في تصريحاته أن عدم إدراج قيادات الذراع العسكري للحركة يمثل لديهم بدايةَ إسقاطِ مشروعِ المقاومة، وعلى رأسها الكفاح المسلح ضد الاحتلال. وقال: "نحن في قيادة "كتائب شهداء الأقصى في فلسطين- مجلس شورى مجموعات الشهيد أيمن جودة" وكل كوادر الأذرع العسكرية للحركة وقياداتها نحذر وبقوةٍ من هذا الإجراء، والذي يأتي في قراءتنا الأولية له هو محاولة لشطب خيار المقاومة داخل الحركة من خلال تحييد هذه القيادات الميدانية للأذرع العسكرية في المؤتمر وعدم تنسيبها، والذي هو غير مبررٍ بالمطلق، لأننا ما زلنا حركةً وطنيةً ثوريةً تحرريةً، وأن شعبنا ما زال يقبع تحت الاحتلال وقمعه، ولم تتحقق أحلامنا في إقامة دولتنا كاملة الحرية والسيادة بعد". وأضاف: "فلا يجوز لنا أن نسقط هذا الحق من برامج الحركة القادمة مهما كانت الظروف، وبذلك أؤكد على أن فهمنا لانعقاد المؤتمر هو ليس عمليةً انتخابيةً لمؤسسات الحركة بقدر ما هو إقرارٌ لبرامج وطنيةٍ نضاليةٍ تكفل تحقيق أهداف شعبنا بالاستقلال والحرية". ودعا الأمين العالم للكتائب الجميع من الآن وقبل انعقاد المؤتمر والذي أصبح انعقاده ضرورةً وحاجةً مُلحَّةً إلى الالتفاف حول إعادة تفعيل حقهم في ممارسة المقاومة بكل أشكالها، وعلى رأسها الكفاح المسلح، وعدم إسقاط هذا الخيار تحت أي ظرف، مؤكدًا أن صمود الشعب الفلسطيني في كل المعارك التي خاضها ضد الاحتلال، بدءًا من معركة الكرامة ومرورًا بالانتفاضة الأولى وانتهاءً بانتفاضة الأقصى، هو الذي كان يرغم الاحتلال على التعاطي في تحقيق أهداف الشعب الفلسطيني. وقال القيادي الفتحاوي: "إن خيار التفاوض لوحده غير كافٍ لتحقيق هذه الأهداف في ظل تطرف الحكومة "الإسرائيلية" وشروطها التعجيزية لقبول الدولة الفلسطينية المستقلة، ولذلك سنظل نحن كمقاتلين في الحركة متمسكين بحقنا في المقاومة، ولن يستطع أحدٌ مهما كان أن يسقط عضويتنا في هذه الحركة العملاقة، وسنظل نمارس هذا الحق في المقاومة حتى تحقيق أهدافنا الوطنية الثابتة، وستظل قوات "العاصفة" في الحركة هي القلب النابض لنا حتى التحرير وإقامة الدولة الفلسطينية المستقلة وعاصمتها القدس، وإن عدم إدراج قيادات الكتائب في عضوية المؤتمر ليس له لدينا أيُّ تفسيرٍ غير ذلك". ودعا طافش كل الكوادر والقيادات الفتحاوية المؤمنة بمشروعية المقاومة، وكل قيادات حركة "فتح" عمومًا أن ينظروا في هذا الأمر بعينٍ من الجدية والأهمية، حسب تعبيره.