وصف علماء الأزهر التصريحات الأخيرة لبابا الفاتيكان ضد الإسلام بأنها مستفزة ولا تخدم الحوار الذي يقوم به الفاتيكان مع العديد من المؤسسات الإسلامية الكبرى وعلى رأسها الأزهر. ودان العلماء المصريون وصف البابا في محاضرته التي ألقاها بجامعة رتيسبون الألمانية التي كان يعمل بها منذ عام 1969 بأن الإسلام ديانة لا تدين العنف بالشدة المطلوبة، وأن المشيئة فيه منقطعة عن العقل، واستشهاده بحوار بين إمبراطور بيزنطي مع مثقف فارسي. وقال د.نصر فريد واصل، مفتي مصر الأسبق، أن الإسلام دين يحترم الأديان السماوية الأخرى برغم أنها لا تعترف به كديانة سماوية صراحة، بل إن الإيمان بالمسيحية واليهودية ورسلهما جزء لا يتجزأ من عقيدة المسلمين. وقال واصل: لهذا نطالب أن تكون معاملتهم لنا بالمثل من حيث الحوار والتفاهم السلمي، فإن لم يفعلوا وأخذوا في إصدار التصريحات المستفزة ضد ديننا ورسولنا فيجب أن نتخذ مواقف حازمة، خاصة أن التصريحات هنا صادرة عن رأس الديانة المسيحية الكاثوليكية في العالم ما يعد تمهيدا لحرب صليبية جديدة يشارك فيها رجال الدين وليس القادة السياسيون فقط مثل الرئيس بوش الذي أعلن أكثر من مرة بأنه يقود حربا صليبية ضدنا ونحن لا نصدق أنها زلة لسان وإنما هي تعبير عما في قلبه. وأضاف الشيخ واصل: المشكلة فينا نحن الذين يجب علينا أن يكون رد فعلنا قويا ومؤثرا لأن تطاول البابا على الإسلام لم يكن متوقعا بهذه الأقوال التي تنم عن عدم معرفة صحيحة بالإسلام وتعاليمه، في احترام حرمة النفس البشرية والدعوة للعقل ورؤيته للمشيئة الإلهية من خلال القضاء والقدر وغيره. ووصف الشيخ محمود عاشور، وكيل الأزهر سابقا، بابا الفاتيكان بأنه لم يقرأ شيئا صحيحا عن الإسلام ورسوله، وبالتالي فهو لم يعرف حقيقته، فقال أشياء تسيء إليه قبل أن يسيء إلى الإسلام الذي يحترم النفس البشرية بشكل لا مثيل له في التاريخ مهما كان صاحبها، يقول تعالى: "ولا تقتلوا النفس التي حرم الله إلا بالحق"، وجعل قتل أي نفس مثل قتل الناس جميعا: "ومن قتل نفسا بغير نفس فكأنما قتل الناس جميعا". ودعا الشيخ عاشور بابا الفاتيكان إلى أن يقرأ عن حقيقة الإسلام من مصادره الصحيحة التي ترفض العدوان: “وقاتلوا في سبيل الله الذين يقاتلونكم ولا تعتدوا إن الله لا يحب المعتدين”، مشيرا إلى انه إذا قرأ البابا وصايا الرسول صلى الله عليه وسلم لقادة جيوشه بالمحافظة على المدنيين وعدم الغدر واحترام الأسرى وعدم التعرض للمتعدين على غير ديانة الإسلام، لعرف أن الإسلام دين الرحمة للبشرية كلها وفي مقدمتهم غير المسلمين الذين يقومون بحروب إبادة الآن ضد المسلمين وما يجري على الساحة الدولية خير شاهد. ودعا د. محمد المسير، أستاذ العقيدة والفلسفة بجامعة الأزهر، إلى إلغاء لجان حوار الأديان بين الأزهر والفاتيكان لأن هذا أقل رد فعل إذا كان الأزهر يريد أن يكون ممثلا حقيقيا للمسلمين ومدافعا عن دينهم، في الوقت الذي تشن فيه حروب صليبية ويهودية ضدنا رغم أن الله حذرنا من أن الحوار معهم لن يجدي إلا إذا استسلمنا لهم ورفعنا الراية البيضاء فقال تعالى: "ولن ترضى عنك اليهود ولا النصارى حتى تتبع ملتهم"، وهذا لا يعني أننا نقاطع البشرية وإنما علينا أن نحترم ونتحاور مع من يحترمنا ويريد الحوار الجاد المتكافئ معنا وليس المتاجرة بحوار الأديان وطعننا في ديننا وإهانة مقدساتنا ورسولنا.