منذ أكثر من مائة عام صدر قانون لتنظيم الأزهر والمعاهد الدينية. وكانت تبعية الأزهر مثار خلاف فقد أصر الملك فؤاد ان يؤكد سيطرته علي هذه المؤسسة الدينية الكبري وفي نفس الوقت قالت الحكومة إنها إحدي مؤسسات الدولة وبالتالي تخضع للحكومة. وعند وضع دستور 1923 أصدر الملك تعليماته بضرورة ان ينص في الدستور علي ان الملك يباشر كل السلطات علي الأزهر والمعاهد الدينية. وفي فبراير سنة 1925 ان يؤكد سلطته فأصدر أمراً بإلحاق القضاء الشرعي ومدرسة دار العلوم إلي الأزهر بدلاً من وزارة المعارف.. ولكن البرلمان أوقف هذا القرار وأعيدت المدرستان إلي وزارة المعارف. أما الرئيس الأعلي للهيئة الدينية فهو شيخ الأزهر ويختاره الملك ويعين بأمر منه.. كذلك يصدر الملك أمراً ملكياً بتعيين أعضاء المجلس الأعلي الذي يتكون من 12 عضواً من شيوخ المذاهب الأربعة ووزير الأوقاف ومدير الأزهر وثلاثة أعضاء آخرين. وبخلاف المجلس الأعلي هناك مجموعة كبار العلماء وعددهم 30 عضواً من كبار الشيوخ ويتم تعيينهم بأمر ملكي بناء علي ما يعرضه شيخ الأزهر. وفي شهر يونيه سنة 1928 أصدر الملك فؤاد مرسوماً بتعيين الشيخ محمد مصطفي المراغي شيخاً للأزهر.. وأصدر مرسوماً آخر بتعيين الشيخ عبدالمجيد سليم مفتي للديار المصرية. وبعد نحو عام قام الشيخ المراغي بإعداد مشروعات لاصلاح الأزهر ورفعها للملك.. ولكنها لم تجد قبولاً لديه.. وفي الحال تقدم الشيخ المراغي باستقالته وصدر أمر ملكي بتعيين الشيخ الأحمدي الظواهري شيخاً للأزهر. وفي سنة 1935 اضطربت الأحوال في الأزهر مما اضطر الملك فؤاد إلي إعادة الشيخ المراغي ليتولي المشيخة ومع تولي الملك فاروق العرش عاد الخلاف مرة أخري بين القصر والحكومة فقد اتجهت إلي التعيين في بعض المناصب الكبري بموجب مرسوم يصدر من مجلس الوزراء ولكن القصر تمسك بأن يتم إصدار مرسوم التعيين بموجب أمر ملكي يصدر عن الديوان. وردت حكومة الوفد علي ذلك بأن أعدت مشروعاً لتحسين حال العلماء والمدرسين وخريجي الأزهر ولكنها علقت التنفيذ علي إخراج الشيخ المراغي من المشيخة.. واضطر الشيخ المراغي إلي تقديم استقالته ولكن الملك لم يقبلها. ورفض النحاس باشا اعتبار استقالة الشيخ المراغي كأن لم تكن.. وظل معتكفاً في داره بحلوان حتي اقيلت وزارة الوفد واستأنف الشيخ عمله في يناير 1945 وظل يعمل إلي ان مات في اغسطس 1945 ويقول حسن يوسف نائب رئيس ديوان الملك انه دارت مناقشات بين الشيخ المراغي والشيخ عبدالمجيد سليم مفتي الديار المصرية بأن الأزهر ينبغي ان يكون بعيداً عن السياسة.